More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0528 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0528  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  100 
 
 		 334 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2299  inner-membrane translocator  48.69 
 
 		 335 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0163581  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2840  monosaccharide-transporting ATPase  47.74 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3735  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  48.05 
 
 		 336 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.282869  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3468  inner-membrane translocator  48.05 
 
 		 336 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3352  hypothetical protein  47.4 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.913341  normal  0.18018 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4656  monosaccharide-transporting ATPase  46.48 
 
 		 339 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280906  normal  0.572713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1335  inner-membrane translocator  47.22 
 
 		 353 aa  229  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0781195  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1271  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  46.83 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.123363 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3822  monosaccharide-transporting ATPase  45.42 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4064  monosaccharide-transporting ATPase  45 
 
 		 329 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0033  sugar ABC transporter, permease  38.82 
 
 		 316 aa  216  5.9999999999999996e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.696552  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5193  Monosaccharide-transporting ATPase  45.42 
 
 		 352 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0348  sugar ABC transporter, permease protein  40.26 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0389  sugar ABC transporter, permease protein  40.26 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0395  sugar ABC transporter, permease protein  40.26 
 
 		 318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1402  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  44.72 
 
 		 348 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0354839  normal  0.170843 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4372  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82281  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3721  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 348 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3268  carbohydrate ABC transporter permease  39.36 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3401  monosaccharide-transporting ATPase  39.36 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4326  inner-membrane translocator  43.46 
 
 		 357 aa  198  9e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3317  inner-membrane translocator  40.88 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0367  carbohydrate ABC transporter permease  39.66 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0434  monosaccharide-transporting ATPase  39.66 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1228  carbohydrate ABC transporter permease  39.31 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.448635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4696  monosaccharide-transporting ATPase  41.72 
 
 		 317 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3636  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.66011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3562  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0783  monosaccharide-transporting ATPase  36.74 
 
 		 345 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2411  monosaccharide-transporting ATPase  41.69 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2310  carbohydrate ABC transporter permease  41.69 
 
 		 353 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5313  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 328 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4618  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.921966 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  32.92 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  34.42 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  34.42 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  33.88 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0710  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 337 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3523  autoinducer AI-2 ABC transporter, permease protein LsrD  34.09 
 
 		 333 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3652  monosaccharide-transporting ATPase  33.77 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151651  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0860  autoinducer AI-2 ABC transporter permease LsrD  33.44 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4407  inner membrane ABC transporter permease YdeZ  33.64 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4405  inner membrane ABC transporter permease protein YdeZ  33.64 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4322  inner membrane ABC transporter permease protein YdeZ  33.64 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4292  inner membrane ABC transporter permease YdeZ  33.64 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4475  inner membrane ABC transporter permease YdeZ  33.94 
 
 		 332 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  35.31 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  32.76 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  33.1 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1365  monosaccharide-transporting ATPase  35.06 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925681  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  33.78 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0053  ABC transporter, permease, sugar transport  32.1 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.201876  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  32.76 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  34.19 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  32.94 
 
 		 346 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  31.53 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0148  Monosaccharide-transporting ATPase  31.55 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  32.39 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0123  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3311  monosaccharide-transporting ATPase  33.67 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2928  monosaccharide-transporting ATPase  32.66 
 
 		 351 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110864  normal  0.21378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3263  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 383 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50300  ABC transporter permease  33.33 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 334 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  32.9 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4135  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  32.57 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  32.57 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  31.83 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  31.88 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  31.55 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  31.88 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  31.92 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3534  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0938671 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2809  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2782  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2826  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700859  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2853  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  31.54 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  31.54 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>