152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3384 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3384  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 130 aa  263  7e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.465252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5939  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  70 
 
 		 130 aa  166  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0459  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.9 
 
 		 110 aa  108  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1977  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.01 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.727297  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1168  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.744944  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06645  putative tansport related protein  33.07 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  34.48 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.48 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3580  biopolymer transport protein  31.54 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.173998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.27 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  29.1 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 		 134 aa  57  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.01 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  36.05 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6478  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.671483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.21 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 		 134 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 		 142 aa  51.2  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.2 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.68 
 
 		 136 aa  51.2  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  35.19 
 
 		 132 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  31.15 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  30.56 
 
 		 146 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.95 
 
 		 135 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.32 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  30.56 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.32 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  33.33 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  33.33 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  28.04 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.62 
 
 		 133 aa  48.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  28.8 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.62 
 
 		 133 aa  48.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  27.1 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  27.1 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.29 
 
 		 142 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  27.1 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  34 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.71 
 
 		 133 aa  47  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.32 
 
 		 125 aa  47  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.71 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.42 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.42 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  26.17 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  29.25 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  28.57 
 
 		 141 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.47 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 138 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.52 
 
 		 142 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.04 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  27.69 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  25.89 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  28.18 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.59 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.89 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  25.78 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.59 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.21 
 
 		 146 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  25 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  28.3 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0898  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.39 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.250835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  29.57 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  19.79 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  27.62 
 
 		 141 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4593  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.39 
 
 		 132 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1558  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.59 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.125245  hitchhiker  0.000666739 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.798627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 135 aa  42.7  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.77 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.52 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  24.77 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  24.77 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.3 
 
 		 116 aa  42.7  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.83 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.65 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.37 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.310639 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>