More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2221 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  84.33 
 
 
134 aa  233  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.87 
 
 
136 aa  174  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  63.43 
 
 
134 aa  173  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.69 
 
 
134 aa  169  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  62.6 
 
 
135 aa  167  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.77 
 
 
135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.47 
 
 
135 aa  149  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.85 
 
 
135 aa  142  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.62 
 
 
135 aa  142  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.49 
 
 
134 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.81 
 
 
141 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  59.84 
 
 
139 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  59.84 
 
 
139 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.7 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 
166 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.5 
 
 
142 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.5 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  31.5 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  35.51 
 
 
139 aa  77.4  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  34.43 
 
 
153 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  34.43 
 
 
153 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  35.25 
 
 
153 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
143 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  35.88 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  33.61 
 
 
147 aa  73.9  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.88 
 
 
141 aa  73.9  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
140 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.54 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.54 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.54 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0757  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.1 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.54 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.54 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  35.16 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
141 aa  70.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  30.83 
 
 
140 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  35.83 
 
 
158 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  31.45 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
127 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
138 aa  69.3  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  28.8 
 
 
146 aa  69.3  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  34.43 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
130 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
143 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  33.85 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  32.8 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  34.43 
 
 
157 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  31.71 
 
 
152 aa  67.8  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
145 aa  67  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4606  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
142 aa  67  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
136 aa  67  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
156 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  33.08 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  33.33 
 
 
152 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0690  ExbDTolR family transport protein  32.31 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.00894494  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
150 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  29.27 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>