More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3154 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
142 aa  288  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.98 
 
 
142 aa  219  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.18 
 
 
144 aa  211  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.26 
 
 
141 aa  201  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.1 
 
 
141 aa  201  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.1 
 
 
141 aa  201  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.01 
 
 
144 aa  199  7e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.94 
 
 
141 aa  198  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.42 
 
 
147 aa  192  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  66.91 
 
 
147 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.24 
 
 
141 aa  170  6.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.27 
 
 
143 aa  155  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.57 
 
 
143 aa  154  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.55 
 
 
142 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  53.15 
 
 
143 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.85 
 
 
142 aa  146  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.21 
 
 
137 aa  142  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.19 
 
 
141 aa  142  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.94 
 
 
138 aa  142  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
140 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  42.86 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  50.74 
 
 
138 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.65 
 
 
149 aa  106  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 
140 aa  103  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 
158 aa  100  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
140 aa  97.4  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  34.33 
 
 
154 aa  85.5  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  34.75 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
140 aa  82  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.82 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.82 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.17 
 
 
141 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
142 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
142 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  32.85 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  30.37 
 
 
142 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.85 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
134 aa  77.8  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 
132 aa  76.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  31.58 
 
 
146 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  31.58 
 
 
146 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.78 
 
 
143 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  28.68 
 
 
143 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  30.99 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  24.03 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.1 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.79 
 
 
176 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.79 
 
 
176 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.79 
 
 
176 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.79 
 
 
176 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  29.69 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  28.35 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  30.53 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
131 aa  62  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.97 
 
 
176 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1066  TolR protein  29.37 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
153 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  27.13 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
136 aa  61.2  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
158 aa  60.8  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
136 aa  60.8  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
136 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
158 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
137 aa  60.1  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  32.35 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
130 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
133 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  32.35 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1344  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
144 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  27.34 
 
 
148 aa  59.3  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  32.81 
 
 
145 aa  59.3  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>