More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1563 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  272  1.0000000000000001e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.76 
 
 
137 aa  108  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  35.77 
 
 
136 aa  82.4  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.51 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  35.29 
 
 
132 aa  80.1  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  32.26 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  35.48 
 
 
134 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  32.06 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.68 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  35.25 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  34.13 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.9 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.25 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
135 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  35.77 
 
 
133 aa  75.5  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.23 
 
 
159 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  31.45 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  32.85 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.77 
 
 
148 aa  73.9  0.0000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  33.33 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  30.25 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  30.25 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  34.15 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  29.41 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
144 aa  72  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  30.25 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.89 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  29.27 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
136 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  27.27 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  27.27 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.9 
 
 
143 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
138 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.08 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  32.79 
 
 
143 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
152 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.05 
 
 
142 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.05 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  33.61 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 
143 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  28 
 
 
144 aa  67  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
134 aa  67  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  28.57 
 
 
152 aa  67  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
149 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
149 aa  66.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  34.15 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
116 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  31.15 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  31.15 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.2 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.66 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.89 
 
 
155 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  27.97 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  27.97 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.66 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.66 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  29.51 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.66 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368012 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.66 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.89 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  30.89 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  30.25 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.83 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.83 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.83 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>