More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0560 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
137 aa  282  1.0000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.76 
 
 
135 aa  108  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  32.58 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.16 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
130 aa  70.5  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.56 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.27 
 
 
155 aa  67  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
141 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  30.08 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  27.42 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  27.12 
 
 
148 aa  66.2  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.5 
 
 
150 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  28.33 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  28.33 
 
 
133 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
140 aa  63.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  29.06 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  25.86 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
134 aa  62.8  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
166 aa  62.4  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
128 aa  62.4  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  28.69 
 
 
167 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
132 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.27 
 
 
132 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  24.81 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 
159 aa  61.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
133 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  29.91 
 
 
134 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
133 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
143 aa  60.8  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  25.74 
 
 
143 aa  60.1  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  26.83 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  27.12 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
154 aa  60.1  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.5 
 
 
133 aa  59.7  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
132 aa  59.3  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  26.67 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  24.62 
 
 
141 aa  58.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  27.56 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  25 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  25.83 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.95 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
141 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  22.13 
 
 
134 aa  57.8  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.58 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  26.67 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.77 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
122 aa  57.8  0.00000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
131 aa  57.8  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.43 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  23.14 
 
 
124 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  31.36 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.95 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.13 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.13 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.13 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1846  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.22 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.76 
 
 
134 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  26.77 
 
 
131 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.77 
 
 
131 aa  57  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.4 
 
 
142 aa  57  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.76 
 
 
134 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.76 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  27.2 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
138 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.58 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  26.72 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
140 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.31 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.07 
 
 
139 aa  56.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  27.64 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1650  TonB system transport protein ExbD  30.89 
 
 
129 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.351181  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  29.71 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  29.71 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0452  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0324206  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 
127 aa  55.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>