More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0812 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  270  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  82.09 
 
 
135 aa  211  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.15 
 
 
135 aa  191  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  68.15 
 
 
135 aa  190  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
137 aa  94  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
129 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.07 
 
 
124 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.16 
 
 
131 aa  90.1  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  40.16 
 
 
131 aa  90.1  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.84 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.29 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.33 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.59 
 
 
132 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
154 aa  75.1  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
132 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  32.2 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  32.2 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  32.2 
 
 
143 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  31.36 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.31 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.31 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  30.33 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  32.48 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  31.62 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2346  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
145 aa  68.2  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0853163  normal  0.0509628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  30.08 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  31.2 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  30.4 
 
 
141 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
143 aa  66.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  30.4 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  30.4 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  30.4 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0736  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 
143 aa  64.7  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  29.06 
 
 
141 aa  63.9  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
167 aa  62  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  28.21 
 
 
141 aa  62  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  25.38 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  31.62 
 
 
145 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
133 aa  62  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
136 aa  61.6  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
135 aa  61.2  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  24.64 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
139 aa  60.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
139 aa  60.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
134 aa  60.1  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  30.6 
 
 
154 aa  59.7  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  32.79 
 
 
126 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.46 
 
 
129 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.4 
 
 
136 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  28.46 
 
 
142 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  31.34 
 
 
142 aa  57.4  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
134 aa  57.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  27.5 
 
 
152 aa  57.4  0.00000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  28 
 
 
135 aa  57.4  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
147 aa  57  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.56 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  26.83 
 
 
156 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1400  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.377979  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  23.81 
 
 
135 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
134 aa  57  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 
141 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.81 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  30.71 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  26.83 
 
 
157 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  23.13 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
126 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.26 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  31.45 
 
 
141 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.63 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
146 aa  55.1  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.89 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
134 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 
141 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.44 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 
155 aa  54.3  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.81 
 
 
150 aa  54.3  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 
226 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>