More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0600 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  271  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  82.09 
 
 
134 aa  205  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.39 
 
 
135 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  72.39 
 
 
135 aa  197  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
137 aa  95.5  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.6 
 
 
131 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  40.6 
 
 
131 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.68 
 
 
129 aa  92.8  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  34.68 
 
 
124 aa  93.2  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  37.12 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.12 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  34.68 
 
 
132 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.68 
 
 
132 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
154 aa  77.4  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  33.33 
 
 
139 aa  77  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.58 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  33.9 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  33.9 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  33.9 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  33.9 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2346  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0853163  normal  0.0509628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  30.23 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.08 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.68 
 
 
133 aa  72  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  26.19 
 
 
135 aa  67  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  29.91 
 
 
141 aa  67  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0736  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
143 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  27.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  28.68 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  24.62 
 
 
135 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  24.82 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  30.51 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  27.91 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  27.97 
 
 
141 aa  63.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
141 aa  61.2  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.55 
 
 
148 aa  60.8  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  30.25 
 
 
142 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
134 aa  60.5  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  29.41 
 
 
156 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11800  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.16 
 
 
133 aa  60.1  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
226 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2860  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
226 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070189  hitchhiker  0.000343254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
146 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 
167 aa  59.3  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
145 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
145 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  28.68 
 
 
145 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.37 
 
 
142 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 
145 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  27.97 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.82 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  27.97 
 
 
141 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.05 
 
 
136 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  31.54 
 
 
142 aa  57.4  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
136 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  23.13 
 
 
136 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.19 
 
 
136 aa  57  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  28.46 
 
 
145 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.21 
 
 
135 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.84 
 
 
137 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.07 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
158 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  26.67 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  26.67 
 
 
152 aa  56.6  0.0000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.69 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  27.73 
 
 
157 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.37 
 
 
156 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  27.87 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
155 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>