More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2891 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  265  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.62 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
130 aa  72  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.23 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  37.4 
 
 
124 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
140 aa  68.2  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
129 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  33.91 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.19 
 
 
132 aa  63.5  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
138 aa  62.8  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 
137 aa  63.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.95 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
132 aa  62  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  33.94 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.09 
 
 
149 aa  61.6  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
135 aa  60.8  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  31.45 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
139 aa  60.1  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  29.17 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
135 aa  58.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.89 
 
 
141 aa  57.4  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  29.41 
 
 
136 aa  57.4  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.28 
 
 
140 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
145 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.28 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  30.53 
 
 
145 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  31.58 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  25.86 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.89 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
140 aa  55.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  31.58 
 
 
146 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  31.09 
 
 
143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.58 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.09 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  31.09 
 
 
143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  31.09 
 
 
143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  26.72 
 
 
134 aa  55.1  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  30 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  29.66 
 
 
154 aa  54.7  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  26.96 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.94 
 
 
146 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.12 
 
 
137 aa  53.5  0.0000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 
142 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
156 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.54 
 
 
141 aa  53.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  31.15 
 
 
139 aa  53.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  27.59 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
131 aa  53.5  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
156 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.33 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  31.58 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  26.55 
 
 
143 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  26.02 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
158 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  26.72 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.72 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
250 aa  51.6  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
138 aa  51.6  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
142 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  33.62 
 
 
135 aa  52  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.69 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.85 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  26.5 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.7 
 
 
144 aa  51.2  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.85 
 
 
134 aa  51.2  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
218 aa  51.6  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  25.78 
 
 
138 aa  51.6  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
147 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
149 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  26.32 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  30.77 
 
 
146 aa  50.4  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.7 
 
 
141 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
136 aa  50.4  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.85 
 
 
134 aa  50.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
129 aa  50.4  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>