More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0455 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  100 
 
 
134 aa  263  4e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  46.28 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  45.67 
 
 
137 aa  111  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.85 
 
 
136 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  44.88 
 
 
136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.15 
 
 
136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  42.42 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.67 
 
 
136 aa  107  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.33 
 
 
142 aa  105  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
135 aa  103  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  39.2 
 
 
135 aa  102  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  42.24 
 
 
133 aa  100  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  36.36 
 
 
135 aa  97.4  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.98 
 
 
133 aa  94.4  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 
134 aa  93.6  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  36.43 
 
 
134 aa  93.6  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.17 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.61 
 
 
139 aa  92  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
133 aa  92  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  34.88 
 
 
134 aa  91.3  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  36.43 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  90.5  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
134 aa  90.5  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  37.82 
 
 
143 aa  90.1  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 
135 aa  90.1  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  38.98 
 
 
132 aa  89.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  34.88 
 
 
134 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
134 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  35.66 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.09 
 
 
116 aa  84.3  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.83 
 
 
134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
140 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.5 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.78 
 
 
135 aa  72.4  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.44 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.69 
 
 
142 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.17 
 
 
140 aa  70.1  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  31.85 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.87 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  30.33 
 
 
146 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  30.33 
 
 
146 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.65 
 
 
141 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.52 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
137 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  29.58 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
143 aa  65.1  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.91 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
148 aa  64.7  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  31.01 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
132 aa  63.5  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.19 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.29 
 
 
142 aa  62  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
136 aa  62  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
137 aa  61.6  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
141 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
140 aa  60.5  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.77 
 
 
135 aa  60.5  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
129 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
143 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
129 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.19 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  28.69 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.67 
 
 
124 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
132 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  24.41 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  27.86 
 
 
143 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2615  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
218 aa  56.2  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  36.75 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  29.77 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.73 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
156 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.37 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>