More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2608 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  268  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  81.48 
 
 
135 aa  226  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  59.35 
 
 
134 aa  159  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.77 
 
 
134 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.04 
 
 
135 aa  155  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.79 
 
 
134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.91 
 
 
134 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.85 
 
 
134 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.76 
 
 
136 aa  134  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.03 
 
 
135 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.18 
 
 
135 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
141 aa  128  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  52.1 
 
 
139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  52.1 
 
 
139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.1 
 
 
137 aa  118  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 
134 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.11 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.11 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.11 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.11 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.11 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.11 
 
 
140 aa  93.6  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  34.13 
 
 
142 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.11 
 
 
142 aa  92.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
140 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
143 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
137 aa  81.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  37.78 
 
 
153 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  35.25 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  36.3 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  36.3 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
138 aa  74.3  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  26.23 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 
166 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.89 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  34.38 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  34.88 
 
 
146 aa  72.8  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.6 
 
 
147 aa  72  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.94 
 
 
145 aa  72.4  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  29.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
141 aa  70.9  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  32.31 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  32.31 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.31 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
133 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.86 
 
 
144 aa  70.1  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  33.06 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
140 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  31.54 
 
 
144 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  31.45 
 
 
151 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  31.45 
 
 
151 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  30.5 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 
153 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  36.72 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  32.23 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.16 
 
 
144 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  26.77 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.94 
 
 
144 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
143 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  33.33 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  32.8 
 
 
177 aa  66.2  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0443  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.06 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.102103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0670  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.06 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.198674  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.12 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.12 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.12 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 
155 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.12 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  27.2 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
135 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.4 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  27.56 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  25.2 
 
 
145 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.86 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>