More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2987 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
133 aa  261  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  76.52 
 
 
132 aa  216  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  68.46 
 
 
133 aa  179  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  64.12 
 
 
135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.72 
 
 
134 aa  157  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  156  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  156  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.73 
 
 
134 aa  156  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  156  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  156  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.72 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.72 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.72 
 
 
134 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.46 
 
 
134 aa  155  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  55.22 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.49 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.97 
 
 
134 aa  154  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.73 
 
 
134 aa  153  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.44 
 
 
134 aa  149  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.6 
 
 
135 aa  147  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  58.4 
 
 
135 aa  147  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.18 
 
 
116 aa  146  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.78 
 
 
136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  53.23 
 
 
134 aa  143  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  54.03 
 
 
136 aa  143  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.7 
 
 
136 aa  140  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  52.8 
 
 
134 aa  138  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.81 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  52.46 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  52.03 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  46.61 
 
 
136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  44.62 
 
 
134 aa  120  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.85 
 
 
135 aa  120  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.8 
 
 
139 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.21 
 
 
134 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.1 
 
 
137 aa  106  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.97 
 
 
134 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.37 
 
 
136 aa  105  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  43.65 
 
 
135 aa  104  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.9 
 
 
133 aa  99.4  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  39.67 
 
 
143 aa  99  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.26 
 
 
133 aa  96.7  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  38.98 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
140 aa  90.9  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.4 
 
 
135 aa  89.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  37.59 
 
 
141 aa  83.6  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 
134 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.3 
 
 
134 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  35.61 
 
 
137 aa  80.9  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  32.79 
 
 
139 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  31.36 
 
 
139 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  31.36 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
133 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
141 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
137 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.37 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  30.89 
 
 
152 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  33.33 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
137 aa  72.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.56 
 
 
140 aa  70.9  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.33 
 
 
135 aa  70.5  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  32.76 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.11 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  30.17 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.93 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  25 
 
 
148 aa  67.8  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  28.57 
 
 
143 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
137 aa  67  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.46 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.77 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.86 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
148 aa  65.5  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  31.09 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0205  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000105504  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
159 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
158 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  24.6 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
149 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>