More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1736 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
139 aa  272  9e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  51.13 
 
 
136 aa  143  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.78 
 
 
136 aa  131  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  118  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
134 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
134 aa  117  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  117  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
134 aa  117  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  116  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  44.07 
 
 
136 aa  115  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
134 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  44.72 
 
 
143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 
135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  42.86 
 
 
134 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
134 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  37.6 
 
 
132 aa  113  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  37.69 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  43.59 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.8 
 
 
133 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  36.51 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.14 
 
 
136 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  35.38 
 
 
134 aa  106  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  35.38 
 
 
134 aa  105  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.62 
 
 
134 aa  106  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  39.32 
 
 
135 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  38.46 
 
 
133 aa  99.8  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.53 
 
 
136 aa  99.8  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.39 
 
 
116 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
133 aa  98.6  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  41.03 
 
 
137 aa  96.7  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.61 
 
 
134 aa  92  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  40.83 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  29.91 
 
 
134 aa  87  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
133 aa  81.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.24 
 
 
134 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  77  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.9 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 
135 aa  75.5  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.64 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
135 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.09 
 
 
133 aa  72  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  29.55 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  31.62 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  30.08 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.45 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.29 
 
 
140 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.32 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  31.82 
 
 
143 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 
142 aa  62  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.57 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.06 
 
 
148 aa  62  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
140 aa  62  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
154 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
142 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  27.91 
 
 
139 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
142 aa  61.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
148 aa  61.2  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 
137 aa  60.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  30 
 
 
146 aa  60.5  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  30.4 
 
 
144 aa  60.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
144 aa  60.5  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.81 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
148 aa  60.1  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.36 
 
 
139 aa  60.1  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.35 
 
 
132 aa  59.3  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
137 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
132 aa  59.3  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  25.35 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.24 
 
 
154 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  30.6 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  29.6 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  31.67 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.63 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>