More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2484 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  100 
 
 
137 aa  272  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  57.55 
 
 
141 aa  169  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  43.51 
 
 
135 aa  105  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 
135 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  46.28 
 
 
136 aa  102  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  44.19 
 
 
134 aa  99  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  45.74 
 
 
134 aa  98.2  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  44.96 
 
 
134 aa  97.4  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  41.67 
 
 
135 aa  94.7  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.74 
 
 
134 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  43.41 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  42.24 
 
 
134 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  39.69 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
136 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  39.68 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.21 
 
 
136 aa  84.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  84  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.44 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.93 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  82  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.61 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.19 
 
 
135 aa  80.1  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.19 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.31 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  35.88 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  33.9 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.01 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.25 
 
 
137 aa  61.2  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
158 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  26.47 
 
 
134 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.47 
 
 
134 aa  60.8  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  28.8 
 
 
154 aa  59.7  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  27.42 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  28.46 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.43 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.43 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.43 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
137 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.43 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.43 
 
 
176 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.69 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  21.95 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  29.2 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.95 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
140 aa  52  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
250 aa  52.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
143 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
136 aa  52.4  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.6 
 
 
172 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  23.39 
 
 
132 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  33.6 
 
 
176 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.6 
 
 
178 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.39 
 
 
132 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
140 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.1 
 
 
166 aa  51.6  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
135 aa  51.6  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.58 
 
 
174 aa  50.4  0.000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.56 
 
 
140 aa  50.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  24.58 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.14 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.7 
 
 
135 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 
137 aa  50.1  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>