More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2277 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 139 aa  278  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.59 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  33.86 
 
 		 177 aa  70.9  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4087  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 		 143 aa  70.1  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0244495  normal  0.590384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  31.69 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  32.85 
 
 		 169 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  34.78 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  36.44 
 
 		 141 aa  67  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.81 
 
 		 145 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  33.91 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  33.91 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  30.15 
 
 		 164 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  33.91 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  33.91 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.88 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  31.16 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  34.19 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  30.43 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  33.04 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0452  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.9 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0324206  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  33.33 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 		 219 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  30.43 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  32.2 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.39 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  32.2 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  30.08 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  32 
 
 		 142 aa  62  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.66 
 
 		 143 aa  62  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 		 142 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  33.59 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  28.28 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  32.26 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  30.66 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  27.66 
 
 		 148 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 		 173 aa  61.6  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.99 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.14 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  30.08 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  30.08 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  30.08 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1522  ExbDTolR family transport protein  29.84 
 
 		 130 aa  60.1  0.000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000205974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  27.59 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  30 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  30 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  27.59 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  30 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  32.77 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.77 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  27.78 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  30.77 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  27.78 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  31.15 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  31.82 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.06 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  31.25 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  30.83 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.74 
 
 		 154 aa  57.4  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.23 
 
 		 149 aa  57  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  31.97 
 
 		 156 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4373  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 		 134 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  29.37 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4167  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0581  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000412701  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  28.93 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  32.8 
 
 		 173 aa  55.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.66 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  29.66 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>