More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2623 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  95.52 
 
 
134 aa  262  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.78 
 
 
134 aa  261  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.78 
 
 
134 aa  261  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.03 
 
 
134 aa  259  8e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.03 
 
 
134 aa  258  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.03 
 
 
134 aa  258  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.03 
 
 
134 aa  258  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  94.03 
 
 
134 aa  258  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  93.28 
 
 
134 aa  256  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  254  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  91.79 
 
 
134 aa  254  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  91.04 
 
 
134 aa  253  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  89.55 
 
 
134 aa  248  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  85.82 
 
 
134 aa  239  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  82.09 
 
 
134 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  61.36 
 
 
133 aa  162  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.93 
 
 
134 aa  158  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.46 
 
 
133 aa  155  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  58.78 
 
 
132 aa  152  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  51.49 
 
 
135 aa  146  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  52.67 
 
 
134 aa  143  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  51.18 
 
 
134 aa  140  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.37 
 
 
136 aa  140  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.74 
 
 
135 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  54.92 
 
 
135 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  51.15 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  49.62 
 
 
134 aa  136  8.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  51.64 
 
 
136 aa  134  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.85 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  46.21 
 
 
136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.11 
 
 
135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 
136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.3 
 
 
116 aa  127  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
139 aa  115  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
136 aa  115  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  41.22 
 
 
134 aa  103  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  40.83 
 
 
143 aa  103  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 
140 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 
133 aa  101  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
142 aa  95.9  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.43 
 
 
134 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  39.32 
 
 
135 aa  83.6  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.14 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.97 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  36.92 
 
 
141 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  37.4 
 
 
137 aa  80.1  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 
135 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
133 aa  73.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
133 aa  73.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  32.26 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  31.78 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.08 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.06 
 
 
146 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.9 
 
 
155 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
143 aa  68.2  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
138 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
141 aa  67  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  29.91 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  31.45 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  29.1 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  32.26 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.51 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
142 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11800  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
133 aa  63.5  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
151 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
136 aa  63.5  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.11 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
131 aa  62.8  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1866  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
142 aa  62.8  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.838345 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  27.2 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  26.27 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  26.27 
 
 
139 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
132 aa  61.2  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
149 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  29.51 
 
 
152 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
148 aa  60.8  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  60.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 
122 aa  60.8  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.57 
 
 
133 aa  60.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.71 
 
 
135 aa  60.5  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>