More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3062 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 127 aa  258  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2667  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.29 
 
 		 127 aa  192  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.9 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.435564 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.48 
 
 		 127 aa  160  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120053  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.58 
 
 		 126 aa  121  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.8 
 
 		 130 aa  103  8e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  37.19 
 
 		 132 aa  97.1  7e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2158  TonB system transport protein ExbD  40.32 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  37.29 
 
 		 127 aa  90.9  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 		 127 aa  90.1  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0848  TonB system transport protein ExbD  37.93 
 
 		 128 aa  89  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000199461  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0467  TonB system transport protein ExbD  36.97 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  36.52 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1650  TonB system transport protein ExbD  33.61 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.351181  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0717  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.55 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.96 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.31 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1568  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.97 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.969872  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1801  biopolymer transport exbD protein  32.77 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.221711  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1620  biopolymer transport exbD protein  33.61 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.916703  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1988  biopolymer transport exbD protein  34.58 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0879  TonB system transport protein ExbD  34.29 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.55 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0283  TonB system transport protein ExbD  30.25 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.3 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  32.54 
 
 		 146 aa  69.7  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  30.95 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  32.06 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  31.58 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0145  TonB system transport protein ExbD, putative  36.92 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000057869  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0105  TonB system transport protein ExbD, putative  36.92 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.664696  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  29.32 
 
 		 146 aa  62  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0117  TonB system transport protein ExbD, putative  36.92 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000384782  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  31.11 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  31.11 
 
 		 153 aa  62  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  31.11 
 
 		 153 aa  62  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.15 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.23 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  27.27 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.65 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  28 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0920  putative polysaccharide deacetylase  35.43 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0743675  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.67 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  29.23 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.23 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  29.69 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  28.03 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  33.33 
 
 		 152 aa  60.1  0.00000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  31.97 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  27.27 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  27.07 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  31.78 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  26.05 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0198  TonB system transport protein ExbD  34.62 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00125254  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  28.46 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  27.48 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  25.76 
 
 		 148 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 		 173 aa  57  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  32.8 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  24.43 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.43 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  25.38 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>