More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1623 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
128 aa  256  6e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2158  TonB system transport protein ExbD  50.81 
 
 
131 aa  118  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.28 
 
 
130 aa  95.9  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  35.16 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1568  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.8 
 
 
127 aa  89.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.969872  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1650  TonB system transport protein ExbD  35.83 
 
 
129 aa  84.3  4e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.351181  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0467  TonB system transport protein ExbD  32.79 
 
 
129 aa  83.2  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0879  TonB system transport protein ExbD  34.43 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  35.77 
 
 
126 aa  81.6  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  33.33 
 
 
127 aa  80.1  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 
125 aa  79.7  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0717  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
126 aa  78.2  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1801  biopolymer transport exbD protein  36.36 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.221711  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.22 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1988  biopolymer transport exbD protein  35.54 
 
 
136 aa  77  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1620  biopolymer transport exbD protein  35.54 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.916703  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.01 
 
 
127 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
127 aa  74.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0283  TonB system transport protein ExbD  34.17 
 
 
126 aa  72  0.000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
138 aa  70.5  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.435564 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0848  TonB system transport protein ExbD  29.92 
 
 
128 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000199461  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2667  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
127 aa  68.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
127 aa  67  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120053  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
125 aa  65.1  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
148 aa  63.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
126 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  36.04 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  36.04 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  36.04 
 
 
143 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  36.61 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.75 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  28.24 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  28.24 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  35.45 
 
 
155 aa  58.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
166 aa  58.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  28.68 
 
 
153 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
131 aa  57.4  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 
154 aa  57  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  28.91 
 
 
152 aa  57  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.26 
 
 
144 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
137 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  31.82 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
145 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
135 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  30.58 
 
 
140 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
141 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  32.81 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
158 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
141 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.17 
 
 
137 aa  54.3  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
141 aa  54.7  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
146 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
134 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.31 
 
 
136 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  25 
 
 
156 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  25.2 
 
 
143 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  26.19 
 
 
141 aa  54.3  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  30.89 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
141 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 
154 aa  53.9  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  30.91 
 
 
141 aa  53.5  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  33.64 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0105  TonB system transport protein ExbD, putative  30.89 
 
 
129 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.664696  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0145  TonB system transport protein ExbD, putative  30.89 
 
 
129 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000057869  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  29.73 
 
 
145 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0117  TonB system transport protein ExbD, putative  30.89 
 
 
129 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000384782  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.91 
 
 
145 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.35 
 
 
134 aa  52.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  33.33 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  25 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>