143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6478 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6478  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 136 aa  269  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.671483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1168  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.15 
 
 		 133 aa  84.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.744944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1977  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.84 
 
 		 128 aa  77.8  0.00000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.727297  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0459  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 110 aa  73.2  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5939  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3384  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.88 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.465252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06645  putative tansport related protein  43.41 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.39 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  32.62 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3580  biopolymer transport protein  33.33 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.173998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.76 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.9 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  29.46 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  29.32 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  32.04 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.95 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  28.07 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.97 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.84 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.08 
 
 		 141 aa  50.8  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.01 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  29.13 
 
 		 133 aa  50.4  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 		 140 aa  50.8  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.71 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  27.64 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  30.84 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.39 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 		 183 aa  48.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  28.83 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  26.09 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.09 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  26.67 
 
 		 134 aa  47.8  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.8 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  30.77 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.82 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.82 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 		 131 aa  47  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.36 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.79 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  28.46 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  29.81 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  29.81 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  25.38 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.21 
 
 		 141 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.47 
 
 		 143 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  27.43 
 
 		 143 aa  45.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  25.96 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  25.89 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 		 152 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  29.81 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  27.88 
 
 		 141 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.23 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  27.88 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  23.48 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  28.85 
 
 		 141 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  29.81 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  27.88 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.53 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.27 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.82 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.09 
 
 		 140 aa  45.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  26.35 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.47 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  25.89 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  29.25 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 		 142 aa  44.7  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.880505  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 150 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.19 
 
 		 226 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  28.57 
 
 		 150 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2860  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.19 
 
 		 226 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070189  hitchhiker  0.000343254 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  28.57 
 
 		 150 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.54 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  27.36 
 
 		 141 aa  43.5  0.0009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0198  TonB system transport protein ExbD  25.81 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00125254  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  35.4 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>