More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3324 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 142 aa  289  1e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.880505  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.11 
 
 		 150 aa  83.6  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  37.21 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.71 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  34.81 
 
 		 155 aa  73.6  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  33.08 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  34.88 
 
 		 158 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.86 
 
 		 142 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.82 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.08 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.11 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  30.53 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  30.53 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 		 136 aa  66.6  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  30.53 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  31.62 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.33 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.26 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.41 
 
 		 176 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.41 
 
 		 176 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.41 
 
 		 176 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  31.93 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  29.25 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.41 
 
 		 176 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  32.03 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  32.03 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  31.5 
 
 		 173 aa  63.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.62 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  29.66 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.09 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.25 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  32.77 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0410  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.22 
 
 		 156 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.68 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  33.06 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.84 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  32.21 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  32.21 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.9 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.03 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.21 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  32.21 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.9 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.24 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.9 
 
 		 140 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  27.07 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  32 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  31.93 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  31.93 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  28.47 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  31.93 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  31.93 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>