More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2390 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  100 
 
 
133 aa  263  8e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.71 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.3 
 
 
136 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.7 
 
 
136 aa  84.7  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.59 
 
 
142 aa  83.6  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
136 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.88 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  35.59 
 
 
135 aa  79.7  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  36.07 
 
 
135 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  33.62 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.09 
 
 
136 aa  77.8  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
133 aa  77  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.75 
 
 
134 aa  77  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  32.48 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.9 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  29.31 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  25.2 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.1 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 
135 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.17 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  33.88 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.17 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  29.75 
 
 
132 aa  72  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  33.87 
 
 
139 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
134 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.9 
 
 
132 aa  70.9  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.11 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
131 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  35.77 
 
 
131 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  31.15 
 
 
134 aa  70.1  0.000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.46 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
116 aa  69.3  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.59 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
138 aa  69.3  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.64 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  30.4 
 
 
127 aa  68.2  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.59 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
130 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
130 aa  67.4  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
134 aa  67  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
141 aa  67  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  31.9 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  29.03 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  28.69 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  28.69 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  31.45 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.06 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 
127 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  30.65 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  33.58 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
219 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.33 
 
 
142 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.74 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.03 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.74 
 
 
156 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.03 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  31.58 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.64 
 
 
156 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.71 
 
 
148 aa  63.5  0.0000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  33.08 
 
 
143 aa  63.5  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
143 aa  62.8  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 
145 aa  63.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  32.46 
 
 
157 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
133 aa  62.8  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.64 
 
 
125 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  31.45 
 
 
151 aa  62  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.6 
 
 
143 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
159 aa  61.6  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>