More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2642 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
147 aa  298  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.42 
 
 
142 aa  206  7e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.99 
 
 
142 aa  203  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.42 
 
 
144 aa  199  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.26 
 
 
141 aa  195  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.45 
 
 
141 aa  192  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.45 
 
 
141 aa  192  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.18 
 
 
141 aa  192  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.69 
 
 
144 aa  190  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  65 
 
 
147 aa  173  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.29 
 
 
141 aa  163  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.71 
 
 
143 aa  154  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.9 
 
 
141 aa  153  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.43 
 
 
143 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.9 
 
 
142 aa  147  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  52.9 
 
 
143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.17 
 
 
142 aa  144  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
137 aa  140  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
140 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.83 
 
 
141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  54.01 
 
 
138 aa  137  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.26 
 
 
138 aa  133  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.1 
 
 
149 aa  121  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.3 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.69 
 
 
140 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.51 
 
 
140 aa  98.2  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
142 aa  97.1  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
141 aa  96.7  8e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
140 aa  96.7  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  37.3 
 
 
154 aa  95.1  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
145 aa  94.4  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  36.57 
 
 
145 aa  94.4  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  34.35 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
140 aa  92  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  35.11 
 
 
143 aa  90.1  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.21 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.88 
 
 
140 aa  87.4  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  35.59 
 
 
146 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  35.59 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.07 
 
 
143 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
137 aa  83.6  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  34.07 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
134 aa  79  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.16 
 
 
134 aa  79  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
132 aa  75.1  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.08 
 
 
138 aa  73.2  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  31.5 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
149 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  31.5 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  31.5 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  31.5 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  31.5 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.88 
 
 
144 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  29.92 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.21 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.35 
 
 
158 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
145 aa  63.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
133 aa  63.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.04 
 
 
144 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 
141 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  31.36 
 
 
143 aa  62  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  29.13 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  31.36 
 
 
143 aa  62  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  32.28 
 
 
139 aa  62  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  31.36 
 
 
143 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  29.93 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  29.08 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.68 
 
 
176 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.68 
 
 
176 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.68 
 
 
176 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.68 
 
 
176 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
135 aa  61.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28.89 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.69 
 
 
139 aa  60.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.69 
 
 
139 aa  60.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 
145 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  60.1  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  60.1  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>