54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1713 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4112  Tetratricopeptide domain protein  35.44 
 
 		 1046 aa  647    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1713  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 1072 aa  2224    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3867  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1116 aa  252  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.409704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3594  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.81 
 
 		 1100 aa  236  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29124  hitchhiker  0.0000227347 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3370  TPR repeat-containing protein  25.64 
 
 		 1146 aa  210  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707224  normal  0.946733 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0123  Tetratricopeptide TPR_4  28.64 
 
 		 1106 aa  199  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0938  TPR repeat-containing protein  27.06 
 
 		 1151 aa  196  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37170  tetratricopeptide repeat protein  27.62 
 
 		 1126 aa  184  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.285738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4231  TPR repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1096 aa  184  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2702  TPR repeat-containing protein  26.58 
 
 		 1124 aa  169  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1119  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.67 
 
 		 1093 aa  168  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2834  TPR repeat-containing protein  26.78 
 
 		 1124 aa  168  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02405  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1093 aa  168  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.753671  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02441  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1093 aa  168  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1128  TPR repeat-containing protein  26.5 
 
 		 1093 aa  167  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3782  tetratricopeptide repeat protein  26.37 
 
 		 1124 aa  167  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2702  TPR repeat-containing protein  26.75 
 
 		 1093 aa  167  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0892  Tetratricopeptide TPR_4  24.11 
 
 		 667 aa  89  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.224705  normal  0.102157 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1342  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 		 668 aa  82.8  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.32152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0888  hypothetical protein  22.97 
 
 		 642 aa  79.7  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0701856  normal  0.0581061 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3155  hypothetical protein  23.06 
 
 		 717 aa  73.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000836331  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0707  hypothetical protein  24.47 
 
 		 709 aa  60.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.95657  normal  0.0125392 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4351  hypothetical protein  24.51 
 
 		 710 aa  59.7  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0471949 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  24.02 
 
 		 934 aa  53.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4945  TPR repeat-containing protein  25.91 
 
 		 750 aa  51.6  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0190  TPR repeat-containing protein  26.59 
 
 		 601 aa  51.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  23.79 
 
 		 767 aa  50.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  29.63 
 
 		 546 aa  50.4  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0035  TPR repeat-containing protein  24.21 
 
 		 402 aa  49.7  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.446314  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 		 602 aa  49.7  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  24.41 
 
 		 594 aa  49.3  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0099  TPR repeat-containing protein  26.44 
 
 		 243 aa  49.3  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14411  Flp pilus assembly protein TadD  28.78 
 
 		 594 aa  48.5  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  25.97 
 
 		 739 aa  48.1  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 739 aa  48.1  0.0009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0535  TPR repeat-containing protein  24.38 
 
 		 596 aa  47.8  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0120015  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2167  tetratricopeptide TPR_2  23.7 
 
 		 1014 aa  48.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  23.64 
 
 		 725 aa  47.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 		 909 aa  48.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  24.14 
 
 		 1827 aa  46.6  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1475  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 		 467 aa  45.8  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  27.14 
 
 		 323 aa  46.2  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 399 aa  45.8  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  22.29 
 
 		 750 aa  45.8  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  30 
 
 		 837 aa  45.8  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2954  TPR repeat-containing protein  32.71 
 
 		 1104 aa  45.4  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189514 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1244  TPR domain-containing protein  25.38 
 
 		 658 aa  45.4  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.66 
 
 		 2240 aa  45.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0495  TPR repeat-containing protein  24.59 
 
 		 592 aa  45.4  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31548  hitchhiker  0.000811281 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 		 583 aa  45.1  0.008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3865  TPR repeat protein  27.27 
 
 		 503 aa  45.1  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  27.22 
 
 		 1154 aa  44.7  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  27.74 
 
 		 405 aa  44.7  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 315 aa  44.7  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>