More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01935 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  100 
 
 		 546 aa  1125    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 547 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  24.5 
 
 		 560 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  26.51 
 
 		 546 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  26.89 
 
 		 551 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  25.09 
 
 		 549 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  24.68 
 
 		 540 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  25.32 
 
 		 538 aa  156  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 403 aa  144  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  22.71 
 
 		 537 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  23.35 
 
 		 534 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  23.54 
 
 		 535 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  23.54 
 
 		 535 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  23.54 
 
 		 535 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  23 
 
 		 535 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  25.34 
 
 		 513 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  25.83 
 
 		 572 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  21.58 
 
 		 535 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  31.03 
 
 		 555 aa  118  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  22.59 
 
 		 561 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  25.62 
 
 		 421 aa  117  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 549 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  23.13 
 
 		 533 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  25.23 
 
 		 416 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  23.49 
 
 		 533 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  24.15 
 
 		 561 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  23.08 
 
 		 577 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  25.08 
 
 		 540 aa  97.8  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  22.93 
 
 		 587 aa  92.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  25 
 
 		 449 aa  90.1  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  23.57 
 
 		 539 aa  87.4  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  23.53 
 
 		 553 aa  81.6  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  22.99 
 
 		 533 aa  79.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  30.37 
 
 		 576 aa  75.1  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 465 aa  67.8  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3023  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 367 aa  62  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0895  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.48 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  33.11 
 
 		 226 aa  59.7  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  30.18 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  32.61 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1311  DNA-binding response regulator  34.21 
 
 		 233 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 		 220 aa  58.9  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 239 aa  59.3  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3634  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261897  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0452  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.205923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0419  response regulator receiver  27.59 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487855  normal  0.449259 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0516  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 468 aa  58.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000971097  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0489  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514722 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1684  response regulator receiver protein  27.08 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.248292  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3918  two component transcriptional regulator  33.1 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6282  two-component response regulator AlgB  30.72 
 
 		 449 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.82 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.82 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1702  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.71 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0334  alginate biosynthesis transcriptional regulatory protein AlgB  29.87 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0263  helix-turn-helix, Fis-type  29.87 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0176  two-component response regulator AlgB  28.48 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0885  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 127 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123702  hitchhiker  0.00202919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  31.65 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0150  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 448 aa  57  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 341 aa  57  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1625  DNA-binding response regulator CsrR  29.17 
 
 		 229 aa  57  0.0000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.137799  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3739  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 		 379 aa  57  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5095  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 448 aa  57  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  29.53 
 
 		 228 aa  57  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1263  response regulator receiver protein  28.96 
 
 		 197 aa  57  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0133  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.76 
 
 		 448 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  56.6  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1887  transmission sensor LetS  32.09 
 
 		 910 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1876  transmission sensor LetS  32.58 
 
 		 910 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  22.76 
 
 		 130 aa  56.2  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  33.05 
 
 		 223 aa  56.2  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0844  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  56.6  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0338  response regulator receiver protein  25.56 
 
 		 358 aa  56.6  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.35024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2223  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 127 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278261  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.26 
 
 		 470 aa  55.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0388  response regulator receiver protein  25.86 
 
 		 127 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2019  response regulator receiver protein  29.84 
 
 		 123 aa  55.8  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 251 aa  55.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  30.23 
 
 		 234 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0897  response regulator receiver domain-containing protein  26.72 
 
 		 131 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.13034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  55.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 524 aa  56.2  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 524 aa  56.2  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  29.13 
 
 		 234 aa  55.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  29.13 
 
 		 234 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 234 aa  55.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  29.92 
 
 		 233 aa  55.1  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0741  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 210 aa  55.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.289134 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0610  response regulator receiver protein  24.14 
 
 		 128 aa  55.1  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.667708  normal  0.178716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>