More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0041 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0041  response regulator  100 
 
 		 535 aa  1097    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  28.88 
 
 		 546 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  25.88 
 
 		 549 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  27.82 
 
 		 551 aa  177  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  25.99 
 
 		 535 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  26.48 
 
 		 535 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  25.8 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  25.8 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  26.28 
 
 		 534 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  26.83 
 
 		 533 aa  169  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  26.36 
 
 		 533 aa  169  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  25.54 
 
 		 560 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  26.14 
 
 		 537 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  25.19 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  24.84 
 
 		 547 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  23 
 
 		 546 aa  127  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  26.6 
 
 		 572 aa  117  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 549 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  25.07 
 
 		 416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 421 aa  113  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  24.78 
 
 		 513 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  25.05 
 
 		 538 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  24.91 
 
 		 577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  22.19 
 
 		 561 aa  101  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  29.11 
 
 		 555 aa  99  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  26.16 
 
 		 553 aa  91.7  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  22.38 
 
 		 540 aa  89  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  26.1 
 
 		 449 aa  88.2  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  23.18 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  22.41 
 
 		 561 aa  84  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  23.79 
 
 		 587 aa  75.5  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  22.83 
 
 		 539 aa  73.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  21.65 
 
 		 533 aa  66.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  28.68 
 
 		 576 aa  66.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 130 aa  59.7  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 222 aa  59.3  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  28.15 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0070  chemotaxis protein CheY  26.52 
 
 		 188 aa  55.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  27.43 
 
 		 221 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  25.4 
 
 		 148 aa  54.7  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  26.92 
 
 		 221 aa  54.7  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.81 
 
 		 223 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2092  adenylate/guanylate cyclase  29.92 
 
 		 395 aa  53.9  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1082  response regulator receiver protein  30 
 
 		 194 aa  53.5  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0727  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 222 aa  53.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1517  response regulator receiver protein  23.02 
 
 		 129 aa  53.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1860  response regulator receiver protein  23.02 
 
 		 129 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2389  response regulator receiver domain-containing protein  27.97 
 
 		 159 aa  52.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.589748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  26.98 
 
 		 220 aa  52.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2606  response regulator receiver protein  23.02 
 
 		 129 aa  52  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.677486  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3123  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.774714  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3849  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3930  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2852  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3520  chemotaxis regulatory protein CheY  25.4 
 
 		 129 aa  52  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.387623 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2968  response regulator receiver protein  26.77 
 
 		 131 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715649 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3428  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3176  hypothetical protein  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1690  chemotaxis protein CheY  27.82 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1646  chemotaxis regulatory protein CheY  25.4 
 
 		 129 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1758  chemotaxis regulatory protein CheY  25.4 
 
 		 129 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.505823  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  27.27 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.01 
 
 		 222 aa  52  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.4 
 
 		 220 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1233  DNA-binding response regulator  30.58 
 
 		 222 aa  51.6  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0842153  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1545  response regulator receiver protein  22.22 
 
 		 129 aa  51.2  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 222 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  29.23 
 
 		 221 aa  51.6  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  28.68 
 
 		 223 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3721  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.67 
 
 		 501 aa  51.2  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.78 
 
 		 225 aa  50.8  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3808  response regulator receiver protein  27.82 
 
 		 131 aa  50.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2979  chemotaxis regulatory protein CheY  24.6 
 
 		 129 aa  51.2  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  27.69 
 
 		 221 aa  51.2  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  27.69 
 
 		 221 aa  51.2  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  27.69 
 
 		 221 aa  51.2  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3090  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 128 aa  50.8  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  25.6 
 
 		 220 aa  50.8  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3364  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  26.87 
 
 		 223 aa  50.8  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3817  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 128 aa  50.8  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.84686 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  29.69 
 
 		 235 aa  50.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0244  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.998065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.57 
 
 		 222 aa  50.8  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0175  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0188  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0262  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2845  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 131 aa  50.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114942  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0058  two component transcriptional regulator  32.2 
 
 		 221 aa  50.4  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551146  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2453  chemotaxis regulatory protein CheY  23.02 
 
 		 129 aa  50.4  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.493501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.23 
 
 		 222 aa  50.4  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4258  response regulator receiver  25 
 
 		 220 aa  50.1  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0567705  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.69 
 
 		 900 aa  50.4  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1758  response regulator receiver protein  23.02 
 
 		 129 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.302397  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  28.46 
 
 		 221 aa  50.1  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1978  chemotaxis regulatory protein CheY  23.02 
 
 		 129 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2115  chemotaxis regulatory protein CheY  23.02 
 
 		 129 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.293067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  28.89 
 
 		 230 aa  50.1  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4423  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 128 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544435  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  28.69 
 
 		 351 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>