224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2578 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  100 
 
 		 577 aa  1162    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  50.56 
 
 		 561 aa  534  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  52.07 
 
 		 587 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  33.72 
 
 		 572 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 549 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  31.06 
 
 		 549 aa  140  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  30.5 
 
 		 534 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  28.82 
 
 		 533 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  28.84 
 
 		 533 aa  127  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  27.51 
 
 		 560 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  26.88 
 
 		 403 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  30.23 
 
 		 535 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 535 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 535 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 535 aa  120  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  27.74 
 
 		 551 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  23.73 
 
 		 553 aa  114  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  24.91 
 
 		 535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  26.79 
 
 		 555 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  26.81 
 
 		 537 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  27.93 
 
 		 546 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  29.1 
 
 		 449 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  27.24 
 
 		 421 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  25.61 
 
 		 416 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  24.44 
 
 		 538 aa  100  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  23.08 
 
 		 546 aa  99  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  25.6 
 
 		 540 aa  99  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  23.75 
 
 		 547 aa  94  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  20.8 
 
 		 561 aa  67  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0885  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 		 697 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  21.91 
 
 		 513 aa  59.3  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3436  response regulator receiver  29.91 
 
 		 128 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.169643  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  19.92 
 
 		 539 aa  56.2  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1980  chemotaxis protein CheY  29.17 
 
 		 124 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  25.68 
 
 		 587 aa  55.5  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3038  response regulator receiver protein  30.71 
 
 		 173 aa  55.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.815906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1339  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 126 aa  54.7  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  25.82 
 
 		 545 aa  54.7  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0193  response regulator receiver protein  28.24 
 
 		 127 aa  54.3  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00528064  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  19.75 
 
 		 533 aa  54.3  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1653  chemotaxis protein CheY  28.69 
 
 		 130 aa  53.5  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000247542  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0384  response regulator receiver domain-containing protein  26.61 
 
 		 126 aa  53.5  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.726249  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3909  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 128 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3871  two-component response regulator CheY  30 
 
 		 128 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0838142  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  21.07 
 
 		 576 aa  52.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45620  two-component response regulator CheY  30 
 
 		 124 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.028564  normal  0.20809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1176  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 126 aa  52.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149241  normal  0.34315 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3467  Flp pilus assembly protein TadD  29.41 
 
 		 535 aa  52.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4340  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 124 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365217  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1861  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 126 aa  52.4  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2804  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 139 aa  52  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.202418  normal  0.168942 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0748  response regulator receiver domain-containing protein  28.1 
 
 		 137 aa  52  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.927301  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1527  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 128 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400069  normal  0.607345 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.41 
 
 		 280 aa  52  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1758  chemotaxis regulatory protein CheY  31.62 
 
 		 129 aa  51.6  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.505823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3520  chemotaxis regulatory protein CheY  31.62 
 
 		 129 aa  51.6  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.387623 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1646  chemotaxis regulatory protein CheY  31.62 
 
 		 129 aa  51.6  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03143  hypothetical protein  29.27 
 
 		 130 aa  51.6  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 1611 aa  51.6  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002833  chemotaxis regulator CheY  29.27 
 
 		 126 aa  51.6  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000239201  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  23.67 
 
 		 1121 aa  51.2  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  26.72 
 
 		 560 aa  50.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4312  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 197 aa  51.2  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 934 aa  50.8  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 565 aa  50.4  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0324  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 126 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.336165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2289  chemotaxis protein CheY  28 
 
 		 122 aa  50.4  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3298  response regulator receiver protein  26.83 
 
 		 228 aa  50.4  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.296411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0718  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 128 aa  49.7  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.887374  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1455  response regulator receiver protein  28.69 
 
 		 123 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.293422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2453  chemotaxis regulatory protein CheY  29.06 
 
 		 129 aa  50.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.493501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3666  response regulator receiver protein  27.5 
 
 		 128 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0547467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2838  response regulator receiver domain-containing protein  29.2 
 
 		 128 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal  0.196154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1344  response regulator receiver  28 
 
 		 127 aa  50.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3747  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 1005 aa  50.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3029  response regulator receiver protein  27.64 
 
 		 127 aa  50.4  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1379  response regulator receiver protein  27.64 
 
 		 135 aa  49.7  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2558  response regulator receiver protein  28 
 
 		 127 aa  49.3  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87788  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1200  response regulator receiver protein  28.69 
 
 		 123 aa  49.3  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0192421  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2010  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 126 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  28.7 
 
 		 148 aa  48.5  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1564  response regulator receiver domain-containing protein  28.21 
 
 		 127 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0533474  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02869  chemotaxis protein CheY  27.34 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0269936  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2979  chemotaxis regulatory protein CheY  29.17 
 
 		 129 aa  48.9  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2712  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 131 aa  48.5  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06210  chemotaxis response regulator CheY  28.57 
 
 		 130 aa  48.5  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.987782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00956  chemotaxis response regulator CheY  28.57 
 
 		 130 aa  48.5  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70790  putative two-component response regulator  27.34 
 
 		 300 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.864147 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 		 217 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  28.81 
 
 		 132 aa  48.9  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2279  response regulator receiver protein  28.69 
 
 		 127 aa  48.9  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0135574  normal  0.58639 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  29.25 
 
 		 394 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3704  response regulator receiver domain-containing protein  30.77 
 
 		 129 aa  48.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.600519  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2163  response regulator receiver domain-containing protein  27.35 
 
 		 128 aa  48.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1636  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 127 aa  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.394594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3467  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 126 aa  48.5  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1384  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 127 aa  48.5  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0134523  normal  0.274763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3048  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 127 aa  48.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0702091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>