125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01904 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01904  CheY-like receiver protein  100 
 
 		 533 aa  1095    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.466885  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0947  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 539 aa  360  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00824863  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2318  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 403 aa  99.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2920  response regulator receiver protein  22.91 
 
 		 538 aa  93.6  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0284416  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0359  putative PAS/PAC sensor protein  22.7 
 
 		 560 aa  89.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0145  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  23.53 
 
 		 449 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4261  response regulator receiver domain-containing protein  22.36 
 
 		 534 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1169  two component transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 549 aa  80.9  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2074  response regulator receiver domain-containing protein  24.29 
 
 		 551 aa  80.1  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01935  Response regulator with TPR repeat  22.99 
 
 		 546 aa  79.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0897  response regulator receiver protein  23.29 
 
 		 546 aa  77  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2579  response regulator receiver protein  27.37 
 
 		 547 aa  76.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02197  response regulator receiver protein  20.56 
 
 		 540 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00179351  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1854  response regulator receiver domain-containing protein  20.87 
 
 		 549 aa  73.6  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.274781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4101  response regulator receiver:tetratricopeptide TPR_4  23.2 
 
 		 572 aa  70.9  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1268  response regulator receiver protein  23.81 
 
 		 513 aa  70.5  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0041  response regulator  21.65 
 
 		 535 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4421  response regulator receiver protein  22.31 
 
 		 535 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.763745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1458  response regulator receiver protein  24.27 
 
 		 416 aa  64.7  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.893415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0315  putative response regulator  29.93 
 
 		 576 aa  64.7  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.601639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1457  response regulator receiver protein  22.22 
 
 		 421 aa  64.3  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0768  response regulator/TPR domain-containing protein  22.18 
 
 		 535 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0795  response regulator receiver protein  22.18 
 
 		 535 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184844 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01769  response regulator receiver protein  17.89 
 
 		 561 aa  62  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.4688  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0809  response regulator receiver protein  21.98 
 
 		 535 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0477  response regulator receiver domain-containing protein  21.34 
 
 		 537 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1257  response regulator VieB  21.21 
 
 		 553 aa  59.7  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00784807  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1034  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.16 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.171933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  19.44 
 
 		 561 aa  58.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2578  response regulator receiver protein  19.75 
 
 		 577 aa  54.3  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000176794 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.06 
 
 		 236 aa  53.9  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1911  response regulator/TPR domain protein  23.7 
 
 		 533 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.014975  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1163  response regulator receiver and unknown domain protein  26.58 
 
 		 231 aa  53.5  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3496  TPR repeat-containing response regulator  22.96 
 
 		 533 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3868  putative response regulator ofcitrate/malate metabolism  25.32 
 
 		 223 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.017891 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4408  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:histidine kinase:histidine kinase  29.69 
 
 		 929 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1176  response regulator receiver protein  19.74 
 
 		 540 aa  50.8  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4868  sensor histidine kinase/response regulator RetS  29.69 
 
 		 929 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  30.89 
 
 		 237 aa  50.8  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1661  response regulator receiver  25.78 
 
 		 265 aa  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.725823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.08 
 
 		 237 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0706  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 		 928 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.08 
 
 		 237 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1173  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 128 aa  49.3  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 737 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  24.61 
 
 		 226 aa  49.3  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1860  putative response regulator  25 
 
 		 432 aa  49.3  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.436307  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  34.43 
 
 		 232 aa  48.5  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0064  response regulator receiver and unknown domain protein  23.93 
 
 		 238 aa  48.5  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.803731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.28 
 
 		 1203 aa  48.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2968  response regulator receiver and unknown domain protein  24.2 
 
 		 228 aa  48.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.33413  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1452  response regulator receiver and unknown domain protein  27.61 
 
 		 224 aa  47.8  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.1 
 
 		 245 aa  47.8  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  26.63 
 
 		 230 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.63 
 
 		 230 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  26.63 
 
 		 230 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.63 
 
 		 230 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.63 
 
 		 230 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  26.81 
 
 		 234 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06171  hypothetical protein  20.29 
 
 		 555 aa  47  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  26.81 
 
 		 234 aa  47  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  26.81 
 
 		 234 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0611  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 925 aa  47  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62789  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 234 aa  47  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  28.1 
 
 		 245 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 457 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 234 aa  47  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 242 aa  46.6  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06870  hybrid histidine protein kinase RetS  28.03 
 
 		 933 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.63 
 
 		 230 aa  46.2  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  31.48 
 
 		 474 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.63 
 
 		 230 aa  46.2  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  26.63 
 
 		 230 aa  46.2  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 232 aa  47  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  31.03 
 
 		 798 aa  46.6  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  26.5 
 
 		 230 aa  46.2  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  26.13 
 
 		 268 aa  45.8  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4178  response regulator receiver/unknown domain-containing protein  24.22 
 
 		 233 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0312835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4244  Fis family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 233 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0391426  normal  0.137126 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4400  Fis family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 233 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.328489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1674  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 		 890 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00434081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3924  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5576  sensor/response regulator hybrid  28.12 
 
 		 962 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1922  response regulator  26.19 
 
 		 229 aa  45.1  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2711  two component signal transduction response regulator  26.05 
 
 		 131 aa  45.1  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  26.09 
 
 		 234 aa  45.4  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0258  two component transcriptional regulator  34.12 
 
 		 217 aa  45.4  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0200742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64230  RetS (regulator of exopolysaccharide and Type III secretion)  27.34 
 
 		 942 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0403381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  26.09 
 
 		 234 aa  45.4  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3634  response regulator receiver  20.08 
 
 		 587 aa  45.4  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.351597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.67 
 
 		 232 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 		 386 aa  45.1  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  26.97 
 
 		 221 aa  45.4  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  26.97 
 
 		 221 aa  45.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  28.79 
 
 		 230 aa  45.4  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>