More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3071 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 232 aa  471  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  99.14 
 
 		 232 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2835  two component LuxR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 226 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803464  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 238 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 213 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  47.11 
 
 		 265 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  46.64 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 244 aa  125  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.264008  normal  0.348846 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  35.65 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 213 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 214 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 210 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 214 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.87 
 
 		 210 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  31.05 
 
 		 220 aa  115  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  34.08 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5717  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4692  two component LuxR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00363591  hitchhiker  0.0000170982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.08 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 217 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0170  capsular synthesis regulator component B  34.39 
 
 		 230 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.443347  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1634  DNA-binding response regulator  34.39 
 
 		 230 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.5 
 
 		 214 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0198  DNA-binding response regulator  34.84 
 
 		 230 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0258  LuxR response regulator receiver  34.84 
 
 		 230 aa  111  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.752946  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 212 aa  111  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.08 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.06 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4965  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.122556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3938  two component LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 218 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.262256 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 210 aa  109  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  35.65 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  35.65 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  35.65 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  34.72 
 
 		 216 aa  108  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3667  two component LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0280  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188137 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.92 
 
 		 208 aa  106  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  33.04 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  33.8 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  33.04 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.32 
 
 		 218 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 222 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 210 aa  105  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.94 
 
 		 210 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 210 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3677  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.4 
 
 		 229 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0102182  hitchhiker  0.0000000000674126 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  35 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  33.64 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  30.91 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  32.88 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2780  two component LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1621  capsular synthesis response regulator transcription regulator protein  34.96 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.848219 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4341  two component LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 343 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3939  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.555587 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2872  two component LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891055  hitchhiker  0.000000000201971 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.41 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1421  putative two-component response regulator  33.64 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  34.26 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  33.8 
 
 		 216 aa  102  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 215 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  32.42 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  31.8 
 
 		 220 aa  101  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 213 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 214 aa  101  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 214 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>