214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1991 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  100 
 
 
184 aa  381  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  53.33 
 
 
182 aa  186  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  41.99 
 
 
182 aa  156  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1408  NUDIX hydrolase  44.31 
 
 
178 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.797387  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  36.62 
 
 
197 aa  92.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  37.96 
 
 
178 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  36.96 
 
 
177 aa  83.2  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  33.11 
 
 
459 aa  83.2  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  36.23 
 
 
178 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  38.79 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  37.75 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4564  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.67 
 
 
196 aa  76.6  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669276  hitchhiker  0.00145949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  34.53 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0666  NUDIX hydrolase  32.45 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000195734  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  31.72 
 
 
178 aa  72  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
177 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
177 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1174  NUDIX hydrolase  31.1 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.510002  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.19 
 
 
213 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1019  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.17 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123527  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1205  hypothetical protein  40.22 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000418064 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.17 
 
 
177 aa  68.6  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1919  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.17 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.353354 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  34.44 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.77 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  34.72 
 
 
181 aa  65.1  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.75 
 
 
180 aa  65.1  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  33.56 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  41.46 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.53 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  36.63 
 
 
178 aa  64.3  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1582  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.1 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.196336  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0168  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.72 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3442  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.85 
 
 
184 aa  63.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.580017  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1593  NUDIX hydrolase  37.36 
 
 
189 aa  62.4  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3527  isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  32.48 
 
 
176 aa  61.6  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.750561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  41.67 
 
 
180 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.59 
 
 
197 aa  61.2  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  34.52 
 
 
177 aa  60.8  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.74 
 
 
186 aa  60.8  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.189435  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  39.08 
 
 
181 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  40.85 
 
 
185 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5925  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.94 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  26.67 
 
 
185 aa  59.7  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  39.33 
 
 
185 aa  59.7  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0725  NUDIX hydrolase  30.56 
 
 
178 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.88 
 
 
176 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.37 
 
 
174 aa  57  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2543  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.48 
 
 
181 aa  57  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.188971  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02721  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36.67 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304436  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1959  NUDIX hydrolase  29.45 
 
 
196 aa  56.6  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.372281  normal  0.231683 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4188  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.67 
 
 
219 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0820  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.45 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3022  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36.67 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02684  hypothetical protein  36.67 
 
 
166 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1867  NUDIX hydrolase  32.61 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.53 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  29.05 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2765  NUDIX hydrolase  43.59 
 
 
209 aa  55.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.14 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0803  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.55 
 
 
182 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010723  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4179  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.56 
 
 
182 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3215  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.56 
 
 
182 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2237  NUDIX hydrolase  39.77 
 
 
169 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0632516  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3308  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36.67 
 
 
182 aa  55.5  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  31.25 
 
 
184 aa  55.1  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2550  hypothetical protein  25.58 
 
 
203 aa  54.7  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal  0.669028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  27.33 
 
 
182 aa  54.3  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  27.33 
 
 
182 aa  54.3  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  27.33 
 
 
182 aa  54.3  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00579  Isopentenyl diphosphate isomerasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I0]  26.49 
 
 
268 aa  53.5  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5294  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.63 
 
 
190 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7624  NUDIX hydrolase  34.85 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.299419  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.96 
 
 
179 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.79 
 
 
179 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0343  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.34 
 
 
198 aa  52.8  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.447974  normal  0.157249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5556  NUDIX hydrolase  37.65 
 
 
130 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.239043  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0080  NUDIX hydrolase  34.92 
 
 
195 aa  52.4  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3209  NUDIX hydrolase  35.92 
 
 
134 aa  52.4  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21260  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.2 
 
 
209 aa  52  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.682268  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26905  predicted protein  45.07 
 
 
216 aa  52  0.000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0375733  normal  0.0729725 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2029  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.62 
 
 
210 aa  51.6  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0672691  hitchhiker  0.00592267 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4870  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.43 
 
 
185 aa  51.6  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0257995  normal  0.425035 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2561  NUDIX hydrolase  36.08 
 
 
201 aa  51.6  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000630284  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3375  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40 
 
 
181 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.923272  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04480  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.71 
 
 
200 aa  51.2  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3207  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40 
 
 
181 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3270  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40 
 
 
181 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3048  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.56 
 
 
182 aa  51.2  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  39.68 
 
 
331 aa  51.2  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3195  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40 
 
 
181 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.376007  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_13493  predicted protein  33 
 
 
256 aa  50.8  0.000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  36.67 
 
 
178 aa  51.2  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  37.5 
 
 
216 aa  51.2  0.000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0969  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36.9 
 
 
191 aa  50.4  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02550  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, putative  27.53 
 
 
265 aa  50.4  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1568  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  28.33 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.331903 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9366  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  36.47 
 
 
193 aa  50.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  36.73 
 
 
196 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>