87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2550 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2550  hypothetical protein  100 
 
 		 203 aa  418  1e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal  0.669028 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  40 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  30.77 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4731  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.58 
 
 		 171 aa  67.4  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.291133  decreased coverage  0.0000344266 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  27.85 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.67 
 
 		 179 aa  62  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  24.18 
 
 		 199 aa  62  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3527  isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  33.58 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.750561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  28.48 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.18 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  35.04 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  28.48 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  36.36 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  36.36 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  26.9 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  26.9 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  37.65 
 
 		 170 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  26.9 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1919  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.58 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.353354 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.58 
 
 		 177 aa  58.2  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0619  diphosphomevalonate decarboxylase  25.93 
 
 		 503 aa  57.4  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.78 
 
 		 174 aa  57.8  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0720  diphosphomevalonate decarboxylase/isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  25.93 
 
 		 503 aa  57.4  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0013091  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.39 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.99 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  25.64 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0774  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  29.49 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1019  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.08 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  30.66 
 
 		 331 aa  55.5  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  35.48 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  30.77 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.51 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.04 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 		 178 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  25.58 
 
 		 184 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1205  hypothetical protein  36.08 
 
 		 182 aa  54.7  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000418064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  32.98 
 
 		 177 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2237  NUDIX hydrolase  25.6 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0632516  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  33.09 
 
 		 170 aa  54.7  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.27 
 
 		 175 aa  53.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3307  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.06 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.63 
 
 		 171 aa  52.8  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1568  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  29.87 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.331903 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.85 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0990  NUDIX hydrolase  27.27 
 
 		 173 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000363849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  29.37 
 
 		 178 aa  48.5  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24100  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.71 
 
 		 197 aa  48.5  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  24.83 
 
 		 186 aa  48.1  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.189435  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0419  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  24.68 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  23.38 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2666  NUDIX hydrolase  25.76 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.167572 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1959  NUDIX hydrolase  26.71 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.372281  normal  0.231683 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.44 
 
 		 172 aa  46.6  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  24.81 
 
 		 182 aa  46.2  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.14 
 
 		 180 aa  46.2  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3569  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  22.78 
 
 		 197 aa  45.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.863637 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl471  nucleoside diphosphate (nudix) hydrolase  28.69 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00345431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.68 
 
 		 179 aa  45.8  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  27.5 
 
 		 184 aa  45.4  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0969  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.03 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  28.22 
 
 		 182 aa  45.1  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  28.22 
 
 		 182 aa  45.1  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  28.22 
 
 		 182 aa  45.1  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5925  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.46 
 
 		 181 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4564  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.9 
 
 		 196 aa  44.7  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669276  hitchhiker  0.00145949 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1582  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  21.77 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.196336  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1623  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  23.49 
 
 		 175 aa  44.3  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2726  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  29.66 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.546258  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13780  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.66 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.201595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04480  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.19 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1044  mutT/nudix family protein  25.81 
 
 		 314 aa  42.7  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17300  ADP-ribose pyrophosphatase  33.9 
 
 		 172 aa  42.7  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.197919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0168  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.07 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0674  NUDIX family hydrolase  26.8 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  22.01 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0346  NUDIX hydrolase  34.18 
 
 		 169 aa  42.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.408953  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3458  mutator MutT protein  30.59 
 
 		 141 aa  42.4  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.432135  hitchhiker  0.00028908 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01202  NUDIX domain, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G13840)  27.69 
 
 		 163 aa  42.4  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.264351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3467  NUDIX hydrolase  27.96 
 
 		 289 aa  42.4  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0498  putative mutator protein(7,8-dihydro-8- oxoguanine-triphosphatase), MutT  30.99 
 
 		 142 aa  42  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  20.36 
 
 		 181 aa  42  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0504  NUDIX hydrolase  26.03 
 
 		 101 aa  42  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.163605  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0397  mutator MutT protein  22.94 
 
 		 347 aa  41.6  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.527818 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4870  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.15 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0257995  normal  0.425035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  24.85 
 
 		 185 aa  41.6  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3273  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  21.25 
 
 		 181 aa  41.6  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12740  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  24.62 
 
 		 196 aa  41.2  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>