161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2237 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2237  NUDIX hydrolase  100 
 
 
169 aa  333  7e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0632516  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  46.5 
 
 
187 aa  117  9e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1867  NUDIX hydrolase  45.96 
 
 
183 aa  116  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  41.82 
 
 
181 aa  98.6  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  37.13 
 
 
185 aa  91.3  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  40 
 
 
178 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  41.29 
 
 
184 aa  89  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  41.79 
 
 
185 aa  88.2  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  38.99 
 
 
177 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  38.99 
 
 
178 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  38.36 
 
 
177 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  35.58 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  34.97 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  38.75 
 
 
177 aa  77.4  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  36.57 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5570  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.76 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  34.15 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02224  predicted NUDIX hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000212424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1357  NUDIX hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.43085e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3439  hydrolase, NUDIX family protein  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000227212  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2449  NUDIX family hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.25281e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2593  NUDIX family hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000583084  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1353  NUDIX hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000289722  normal  0.985207 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2455  NUDIX family hydrolase  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000626304  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2675  hydrolase, NUDIX family protein  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.90885e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02184  hypothetical protein  40.65 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000358279  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  40.3 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  40.3 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  40.3 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2696  nudix hydrolase 3  40.65 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000172824  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1383  NUDIX hydrolase  39.35 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000123288  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2533  nudix hydrolase 3  40.65 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000206294  normal  0.801308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2587  nudix hydrolase 3  40.65 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000345832  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2487  nudix hydrolase 3  40.65 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000530906  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2575  nudix hydrolase 3  40.65 
 
 
184 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000332741  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2561  NUDIX hydrolase  38.31 
 
 
201 aa  72  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000630284  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  38.35 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2782  NUDIX hydrolase  39.6 
 
 
216 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000698062  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  33.95 
 
 
170 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1481  NUDIX hydrolase  39.6 
 
 
216 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000381919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0725  NUDIX hydrolase  34.94 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1582  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  34.68 
 
 
181 aa  68.6  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.196336  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.46 
 
 
179 aa  67  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  32.12 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  35.65 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  36.09 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.45 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  29.79 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  34.85 
 
 
178 aa  63.2  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.47 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45381  predicted protein  29.94 
 
 
451 aa  60.1  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22287  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0396  NUDIX hydrolase  27.01 
 
 
171 aa  59.7  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000159718  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24100  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.03 
 
 
197 aa  57  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.76 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1623  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  36.17 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1754  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  32.9 
 
 
191 aa  56.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.202271  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5294  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.42 
 
 
190 aa  55.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  39.77 
 
 
184 aa  55.5  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1019  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  36.92 
 
 
181 aa  55.1  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123527  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3569  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.99 
 
 
197 aa  55.1  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.863637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1919  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  36.92 
 
 
181 aa  54.7  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.353354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4731  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.85 
 
 
171 aa  54.7  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.291133  decreased coverage  0.0000344266 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  34.65 
 
 
182 aa  54.7  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36.92 
 
 
177 aa  54.3  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2029  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.33 
 
 
210 aa  54.3  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0672691  hitchhiker  0.00592267 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2550  hypothetical protein  25.6 
 
 
203 aa  53.9  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal  0.669028 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.53 
 
 
175 aa  53.5  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5925  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.41 
 
 
181 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_7007  predicted protein  32.77 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  36.78 
 
 
459 aa  52  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0626  MutT/nudix family protein  28.33 
 
 
161 aa  51.6  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000112131  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.21 
 
 
180 aa  51.6  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.47 
 
 
197 aa  51.6  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.03 
 
 
199 aa  51.2  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.92 
 
 
179 aa  51.2  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1842  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.82 
 
 
181 aa  50.8  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743042  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26905  predicted protein  35.71 
 
 
216 aa  50.4  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0375733  normal  0.0729725 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3048  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.75 
 
 
182 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.84 
 
 
179 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.68 
 
 
171 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9366  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  30.23 
 
 
193 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0343  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.32 
 
 
198 aa  48.9  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.447974  normal  0.157249 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1593  NUDIX hydrolase  26.09 
 
 
189 aa  48.9  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.03 
 
 
199 aa  48.9  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4870  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.12 
 
 
185 aa  48.5  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0257995  normal  0.425035 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1205  hypothetical protein  26.45 
 
 
182 aa  48.5  0.00004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000418064 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2543  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.75 
 
 
181 aa  48.1  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.188971  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02721  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.11 
 
 
182 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.33 
 
 
213 aa  47.8  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02684  hypothetical protein  29.11 
 
 
166 aa  48.1  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3359  mutT/nudix family protein  25.74 
 
 
202 aa  48.1  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.039473  hitchhiker  0.00000000000000713164 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  27.34 
 
 
331 aa  48.1  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  44.26 
 
 
196 aa  47.8  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1074  NUDIX hydrolase  32.14 
 
 
261 aa  47  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.25 
 
 
186 aa  46.6  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.189435  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3527  isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  32.54 
 
 
176 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.750561 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3022  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.11 
 
 
182 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0830  NUDIX hydrolase  50 
 
 
291 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1831  NUDIX hydrolase  27.21 
 
 
202 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000890359  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0820  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.11 
 
 
182 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>