118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0725 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0725  NUDIX hydrolase  100 
 
 
178 aa  358  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  72.67 
 
 
177 aa  253  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  75 
 
 
177 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  75 
 
 
177 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  74.42 
 
 
178 aa  251  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  71.68 
 
 
178 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  69.77 
 
 
185 aa  247  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  71.1 
 
 
178 aa  245  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  74.42 
 
 
178 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  67.82 
 
 
180 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  65.71 
 
 
181 aa  240  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  38.46 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  43.04 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  38.55 
 
 
178 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2561  NUDIX hydrolase  39.02 
 
 
201 aa  107  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000630284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  37.65 
 
 
184 aa  105  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1383  NUDIX hydrolase  38.51 
 
 
203 aa  102  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000123288  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  40 
 
 
182 aa  101  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  40 
 
 
182 aa  101  5e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  40 
 
 
182 aa  101  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  38.36 
 
 
170 aa  101  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2782  NUDIX hydrolase  37.28 
 
 
216 aa  100  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000698062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1481  NUDIX hydrolase  37.28 
 
 
216 aa  100  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000381919  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02224  predicted NUDIX hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000212424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1357  NUDIX hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.43085e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2449  NUDIX family hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.25281e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2593  NUDIX family hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000583084  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1353  NUDIX hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000289722  normal  0.985207 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2455  NUDIX family hydrolase  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000626304  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2675  hydrolase, NUDIX family protein  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.90885e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2575  nudix hydrolase 3  36.53 
 
 
184 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000332741  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3439  hydrolase, NUDIX family protein  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000227212  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02184  hypothetical protein  35.93 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000358279  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2533  nudix hydrolase 3  35.93 
 
 
184 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000206294  normal  0.801308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2587  nudix hydrolase 3  35.93 
 
 
184 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000345832  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2487  nudix hydrolase 3  35.93 
 
 
184 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000530906  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2696  nudix hydrolase 3  35.93 
 
 
184 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000172824  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  37.25 
 
 
181 aa  88.6  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  34.18 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  34.96 
 
 
197 aa  77.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  32.86 
 
 
178 aa  75.5  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1867  NUDIX hydrolase  39.1 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  31.47 
 
 
178 aa  70.9  0.000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2237  NUDIX hydrolase  34.94 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0632516  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  34.59 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  33.13 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.14 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  31.78 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  38.39 
 
 
459 aa  65.5  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.95 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.03 
 
 
179 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_7007  predicted protein  30.6 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.56 
 
 
184 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.37 
 
 
175 aa  57.8  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0674  NUDIX family hydrolase  26.83 
 
 
177 aa  57  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.08 
 
 
177 aa  55.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  29.8 
 
 
331 aa  55.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.37 
 
 
213 aa  55.5  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  31.18 
 
 
182 aa  55.1  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.1 
 
 
171 aa  54.3  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.5 
 
 
179 aa  54.3  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.92 
 
 
199 aa  53.9  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.01 
 
 
197 aa  53.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1593  NUDIX hydrolase  38.82 
 
 
189 aa  53.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45381  predicted protein  26.54 
 
 
451 aa  52.8  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22287  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.83 
 
 
176 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1408  NUDIX hydrolase  35.87 
 
 
178 aa  52.4  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.797387  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.37 
 
 
199 aa  52.8  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2236  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
322 aa  52  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.85 
 
 
179 aa  52  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00579  Isopentenyl diphosphate isomerasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I0]  26.63 
 
 
268 aa  51.2  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0897  NUDIX hydrolase  35.63 
 
 
277 aa  51.2  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.22115  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3270  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.87 
 
 
181 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3207  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.87 
 
 
181 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3195  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.87 
 
 
181 aa  51.2  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.376007  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3375  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.87 
 
 
181 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.923272  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4731  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.63 
 
 
171 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.291133  decreased coverage  0.0000344266 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3273  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.2 
 
 
181 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1775  NUDIX hydrolase  34.38 
 
 
166 aa  47.8  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108748  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5294  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.06 
 
 
190 aa  48.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.34 
 
 
176 aa  47.8  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  33.06 
 
 
196 aa  47.8  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5387  NUDIX hydrolase  27.43 
 
 
283 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.503936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0666  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
173 aa  45.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000195734  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0945  NUDIX hydrolase  32.18 
 
 
277 aa  46.2  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3307  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.41 
 
 
183 aa  45.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0626  MutT/nudix family protein  32.97 
 
 
161 aa  44.7  0.0008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000112131  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0343  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.44 
 
 
198 aa  44.3  0.0008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.447974  normal  0.157249 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0990  NUDIX hydrolase  28.33 
 
 
173 aa  44.3  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000363849  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0346  NUDIX hydrolase  38.1 
 
 
169 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.408953  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1568  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  26.42 
 
 
203 aa  44.3  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.331903 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3852  NUDIX hydrolase  30.85 
 
 
272 aa  43.9  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1842  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.83 
 
 
181 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743042  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_14191  predicted protein  31.52 
 
 
238 aa  44.3  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.144173  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2739  NUDIX hydrolase  32.43 
 
 
273 aa  43.9  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.275113  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3404  NUDIX hydrolase  30.53 
 
 
273 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707971  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0411  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.33 
 
 
173 aa  43.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.229765 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7624  NUDIX hydrolase  38.46 
 
 
169 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.299419  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.17 
 
 
180 aa  42.7  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1959  NUDIX hydrolase  27.78 
 
 
196 aa  42.7  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.372281  normal  0.231683 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>