More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1318 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  57.75 
 
 		 873 aa  917    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1318  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 805 aa  1655    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000791242  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0943  DNA topoisomerase III  58.94 
 
 		 862 aa  917    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.513939  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  38.18 
 
 		 746 aa  497  1e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  38.5 
 
 		 754 aa  481  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  56.12 
 
 		 620 aa  434  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  38.47 
 
 		 867 aa  432  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  37.11 
 
 		 908 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  36.17 
 
 		 889 aa  425  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  36.98 
 
 		 888 aa  425  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  34.96 
 
 		 990 aa  404  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  34.8 
 
 		 981 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  35.39 
 
 		 851 aa  389  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  34.83 
 
 		 992 aa  385  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  31.51 
 
 		 777 aa  376  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  34.82 
 
 		 980 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  32.33 
 
 		 730 aa  348  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  34.91 
 
 		 679 aa  345  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  33.06 
 
 		 680 aa  334  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  32.46 
 
 		 671 aa  332  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  32.61 
 
 		 676 aa  331  4e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  32.61 
 
 		 676 aa  331  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  32.87 
 
 		 670 aa  330  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  32.51 
 
 		 670 aa  328  3e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  33.01 
 
 		 671 aa  327  6e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  41.95 
 
 		 701 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1027  DNA topoisomerase type IA central domain protein  30.88 
 
 		 775 aa  318  2e-85  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2208  DNA topoisomerase III  33.58 
 
 		 641 aa  319  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.948709  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1542  DNA topoisomerase III  32.53 
 
 		 645 aa  318  3e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  32.6 
 
 		 671 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3272  DNA topoisomerase  30.34 
 
 		 721 aa  315  9.999999999999999e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000113059  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  31.6 
 
 		 671 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1737  DNA topoisomerase III  32.52 
 
 		 676 aa  314  2.9999999999999996e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1401  DNA topoisomerase III  32.99 
 
 		 653 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03041  DNA topoisomerase III  32.32 
 
 		 654 aa  311  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4792  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 649 aa  310  8e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1472  DNA topoisomerase III  29.82 
 
 		 714 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000939771  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1630  DNA topoisomerase III  31.74 
 
 		 647 aa  307  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000168302  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2400  DNA topoisomerase III  32.14 
 
 		 668 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  32.79 
 
 		 722 aa  303  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1658  DNA topoisomerase III  32.22 
 
 		 679 aa  298  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4425  DNA topoisomerase III  30.85 
 
 		 707 aa  296  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.669794  normal  0.110888 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  30.6 
 
 		 815 aa  294  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3275  DNA topoisomerase III  32.49 
 
 		 670 aa  290  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287374  normal  0.133974 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  36.94 
 
 		 695 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  40.39 
 
 		 721 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0087  DNA topoisomerase III  28.43 
 
 		 717 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.451504 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3439  DNA topoisomerase  32.42 
 
 		 855 aa  275  2.0000000000000002e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0003  DNA topoisomerase 3  28.43 
 
 		 717 aa  275  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000970275  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  36.18 
 
 		 689 aa  274  5.000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  37.6 
 
 		 865 aa  273  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  37.6 
 
 		 865 aa  273  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  37.87 
 
 		 854 aa  272  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  35.42 
 
 		 799 aa  271  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  37.4 
 
 		 865 aa  271  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  38.58 
 
 		 865 aa  271  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0776  DNA topoisomerase III  30.21 
 
 		 645 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000730539  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  37.19 
 
 		 865 aa  268  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  37.19 
 
 		 865 aa  268  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  37.19 
 
 		 865 aa  267  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 906 aa  264  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  37.93 
 
 		 869 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  35.44 
 
 		 876 aa  264  6e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  37.72 
 
 		 891 aa  262  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  35.85 
 
 		 846 aa  261  4e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  37.34 
 
 		 876 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  37.34 
 
 		 876 aa  259  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  33.94 
 
 		 920 aa  259  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  35.43 
 
 		 1002 aa  258  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  36.77 
 
 		 891 aa  258  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  38.28 
 
 		 896 aa  258  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  39.28 
 
 		 686 aa  256  8e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  37.77 
 
 		 879 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  37.87 
 
 		 877 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  37.83 
 
 		 939 aa  254  5.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  36.3 
 
 		 839 aa  252  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  36.45 
 
 		 722 aa  249  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  35.14 
 
 		 981 aa  248  4e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  36.43 
 
 		 975 aa  248  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  36.95 
 
 		 729 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  34.55 
 
 		 719 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  35.79 
 
 		 982 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  35.36 
 
 		 768 aa  243  9e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  38.25 
 
 		 697 aa  238  5.0000000000000005e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  34.88 
 
 		 876 aa  237  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  36.58 
 
 		 869 aa  236  1.0000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  35.27 
 
 		 675 aa  233  8.000000000000001e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  34.46 
 
 		 707 aa  233  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0839  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  35.89 
 
 		 681 aa  231  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0618738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  34.75 
 
 		 718 aa  228  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1409  DNA topoisomerase III  38.32 
 
 		 649 aa  226  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0199719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2048  DNA topoisomerase III  38.32 
 
 		 649 aa  226  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.177023  normal  0.939846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  32.79 
 
 		 712 aa  224  4e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1986  DNA topoisomerase III  38.05 
 
 		 653 aa  224  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136291  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  36.41 
 
 		 730 aa  224  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>