More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3963 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  59.74 
 
 
854 aa  1010    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
906 aa  1110    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  74.92 
 
 
981 aa  1495    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  65.25 
 
 
877 aa  1111    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  64.66 
 
 
876 aa  1105    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1111    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  59.74 
 
 
839 aa  1006    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1111    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  65.08 
 
 
896 aa  1106    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  65.58 
 
 
908 aa  1138    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  45.48 
 
 
851 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1110    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  65.76 
 
 
865 aa  1125    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  41.82 
 
 
869 aa  653    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  75.75 
 
 
980 aa  1497    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  55.76 
 
 
846 aa  967    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  65.19 
 
 
891 aa  1112    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1110    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  80.14 
 
 
1002 aa  1615    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  86.83 
 
 
992 aa  1711    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  64.7 
 
 
888 aa  1113    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  46.04 
 
 
939 aa  718    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  69.43 
 
 
879 aa  1236    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  65.41 
 
 
891 aa  1105    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  65.64 
 
 
865 aa  1124    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  64.94 
 
 
889 aa  1114    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  62.15 
 
 
920 aa  1072    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  66.12 
 
 
865 aa  1124    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  64.43 
 
 
876 aa  1102    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  65.76 
 
 
865 aa  1125    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  65.53 
 
 
865 aa  1122    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  65.41 
 
 
865 aa  1121    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1111    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  65.64 
 
 
865 aa  1124    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  62.85 
 
 
876 aa  1077    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  73.19 
 
 
920 aa  1344    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  72.83 
 
 
975 aa  1461    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  66.7 
 
 
876 aa  1168    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  73.9 
 
 
982 aa  1456    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  100 
 
 
990 aa  2029    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  74.82 
 
 
981 aa  1490    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  65.29 
 
 
869 aa  1111    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  39.4 
 
 
815 aa  569  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  43.36 
 
 
754 aa  536  1e-151  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  40.65 
 
 
701 aa  519  1.0000000000000001e-145  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  37.66 
 
 
799 aa  509  1e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  38.15 
 
 
867 aa  503  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  40.51 
 
 
695 aa  501  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  38.05 
 
 
746 aa  476  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  39.34 
 
 
689 aa  452  1e-125  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  42.02 
 
 
686 aa  451  1e-125  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  39.49 
 
 
721 aa  451  1e-125  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  40.61 
 
 
729 aa  437  1e-121  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  36.54 
 
 
873 aa  428  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  38.14 
 
 
722 aa  413  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  39.25 
 
 
620 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1318  DNA topoisomerase III  34.96 
 
 
805 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000791242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  37.88 
 
 
729 aa  394  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  38.18 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  395  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  36.93 
 
 
731 aa  393  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  396  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  390  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  38.03 
 
 
729 aa  391  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  38.58 
 
 
697 aa  389  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  34.16 
 
 
777 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  36.79 
 
 
731 aa  389  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  33.76 
 
 
675 aa  363  7.0000000000000005e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
768 aa  363  7.0000000000000005e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  33.81 
 
 
707 aa  356  1e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  35.55 
 
 
719 aa  356  1e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  34.5 
 
 
730 aa  352  2e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  32.34 
 
 
712 aa  342  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  35.92 
 
 
608 aa  339  1.9999999999999998e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  34.91 
 
 
697 aa  337  5e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1822  DNA topoisomerase type IA central domain protein  34.01 
 
 
573 aa  337  5e-91  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  32.83 
 
 
671 aa  334  4e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  32.81 
 
 
718 aa  330  8e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 
711 aa  327  5e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  33.38 
 
 
711 aa  327  5e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  34.39 
 
 
744 aa  326  1e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  33.33 
 
 
680 aa  324  5e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  32.3 
 
 
666 aa  320  6e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  31.19 
 
 
671 aa  318  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  32.32 
 
 
670 aa  317  8e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3021  DNA topoisomerase  32.84 
 
 
689 aa  316  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6523  DNA topoisomerase III  33.73 
 
 
687 aa  314  3.9999999999999997e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.728561  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6614  DNA topoisomerase III  33.73 
 
 
687 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  31.68 
 
 
671 aa  313  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  32.74 
 
 
676 aa  312  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  32.74 
 
 
676 aa  312  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4319  DNA topoisomerase III  33.93 
 
 
687 aa  310  9e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.535821  normal  0.574882 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0911  DNA topoisomerase  31.95 
 
 
741 aa  310  1.0000000000000001e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  32.67 
 
 
670 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  29.86 
 
 
714 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>