More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2081 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  48.95 
 
 
851 aa  675    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
906 aa  1271    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  73.39 
 
 
876 aa  1284    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  72.82 
 
 
877 aa  1256    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  62.26 
 
 
981 aa  1085    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  46.79 
 
 
939 aa  736    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1272    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  73.03 
 
 
876 aa  1280    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  61.73 
 
 
839 aa  1056    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  74.03 
 
 
896 aa  1285    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1272    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1272    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1271    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  73.89 
 
 
865 aa  1271    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  73.65 
 
 
865 aa  1266    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  100 
 
 
876 aa  1806    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1272    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  74.34 
 
 
869 aa  1271    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  59.02 
 
 
846 aa  1044    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  74.07 
 
 
891 aa  1272    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  44.63 
 
 
869 aa  688    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  60.71 
 
 
1002 aa  1081    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  61.82 
 
 
992 aa  1061    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  74.16 
 
 
888 aa  1281    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  92.35 
 
 
920 aa  1651    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  73.41 
 
 
865 aa  1266    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  61.29 
 
 
980 aa  1063    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  74.14 
 
 
891 aa  1278    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  73.89 
 
 
865 aa  1271    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  57.58 
 
 
920 aa  1008    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  75.45 
 
 
908 aa  1299    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  73.41 
 
 
865 aa  1265    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  73.89 
 
 
865 aa  1271    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  73.92 
 
 
889 aa  1280    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  64.07 
 
 
879 aa  1115    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  60.55 
 
 
975 aa  1051    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  61.55 
 
 
854 aa  1065    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  61.33 
 
 
982 aa  1060    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  62.32 
 
 
990 aa  1080    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  62.53 
 
 
876 aa  1071    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  73.89 
 
 
865 aa  1269    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  62.37 
 
 
981 aa  1082    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  41.56 
 
 
815 aa  590  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  38 
 
 
799 aa  535  1e-150  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  42.06 
 
 
754 aa  531  1e-149  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  40.34 
 
 
701 aa  514  1e-144  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  40.53 
 
 
695 aa  492  1e-137  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  36.94 
 
 
867 aa  490  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  40.89 
 
 
721 aa  479  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  38.46 
 
 
746 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  39.71 
 
 
689 aa  455  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  41.35 
 
 
686 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  39.73 
 
 
729 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  38.68 
 
 
620 aa  435  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  37.1 
 
 
729 aa  429  1e-118  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  37.38 
 
 
729 aa  428  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  38.59 
 
 
873 aa  428  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  36.96 
 
 
729 aa  426  1e-118  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  423  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  423  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  423  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  423  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  423  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  426  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  36.82 
 
 
729 aa  422  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  36.59 
 
 
729 aa  421  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  37.54 
 
 
722 aa  418  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  36.92 
 
 
731 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  36.78 
 
 
731 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  36.25 
 
 
730 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  37.08 
 
 
697 aa  389  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  35.77 
 
 
719 aa  383  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  34.56 
 
 
718 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  33.84 
 
 
777 aa  376  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  35.43 
 
 
675 aa  370  1e-101  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  33.75 
 
 
707 aa  368  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  32.87 
 
 
712 aa  366  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  31.26 
 
 
768 aa  362  2e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  35.03 
 
 
608 aa  348  2e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1822  DNA topoisomerase type IA central domain protein  34.66 
 
 
573 aa  348  3e-94  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  34.78 
 
 
711 aa  343  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  34.78 
 
 
711 aa  343  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  34.15 
 
 
697 aa  342  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 
714 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  33.88 
 
 
744 aa  338  2.9999999999999997e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1472  DNA topoisomerase III  32.68 
 
 
714 aa  337  5.999999999999999e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000939771  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
714 aa  336  1e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
714 aa  335  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
714 aa  335  2e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1972  DNA topoisomerase III  34.39 
 
 
641 aa  335  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
714 aa  335  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  31.99 
 
 
714 aa  335  3e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 
714 aa  334  5e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 
714 aa  334  5e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 
714 aa  334  5e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2268  DNA topoisomerase III  34.23 
 
 
641 aa  334  6e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  31.85 
 
 
714 aa  333  8e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2018  DNA topoisomerase III  34.13 
 
 
653 aa  332  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000256516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1879  DNA topoisomerase III  34.13 
 
 
653 aa  331  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000411002  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01720  hypothetical protein  34.13 
 
 
653 aa  331  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00317357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>