More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3175 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3175  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  614  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3246  transcriptional regulator, LysR family  77.85 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0801  transcriptional regulator, LysR family  62.37 
 
 		 299 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1035  transcriptional regulator, LysR family  62.24 
 
 		 299 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 289 aa  95.9  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 310 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1175  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.852723  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 328 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  26.54 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 297 aa  90.1  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 319 aa  89.4  6e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 310 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 324 aa  89  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  26.15 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 338 aa  85.9  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 312 aa  85.9  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.34 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  25.45 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.28 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  26.35 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>