More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0801 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0801  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1035  transcriptional regulator, LysR family  94.31 
 
 		 299 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3246  transcriptional regulator, LysR family  68.49 
 
 		 300 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3175  transcriptional regulator, LysR family  62.37 
 
 		 298 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.3 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1175  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.852723  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  27.69 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.69 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 307 aa  92.4  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  25.09 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 296 aa  89.4  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 296 aa  89.4  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 310 aa  89  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  24 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 333 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  25.18 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 318 aa  86.3  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0620  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  24.75 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>