More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2004 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2004  Ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
269 aa  535  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.55 
 
 
264 aa  333  2e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.77 
 
 
261 aa  327  1.0000000000000001e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
261 aa  212  5.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.53 
 
 
259 aa  209  6e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  45.02 
 
 
286 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  44.62 
 
 
285 aa  205  7e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  40.39 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  201  8e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  39.22 
 
 
266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.27 
 
 
257 aa  192  7e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  44.76 
 
 
256 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  44.35 
 
 
256 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.39 
 
 
266 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  42 
 
 
260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.84 
 
 
264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  39.08 
 
 
273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  43.37 
 
 
288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  39.08 
 
 
273 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
267 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.65 
 
 
254 aa  180  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  40.16 
 
 
273 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.75 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  44.3 
 
 
272 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  37.98 
 
 
293 aa  179  4.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.32 
 
 
257 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
272 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  39.22 
 
 
266 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  38.98 
 
 
284 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
265 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0165031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  42.02 
 
 
287 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  39.76 
 
 
266 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.02 
 
 
267 aa  176  4e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  39.45 
 
 
274 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.95 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.47 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  40.17 
 
 
288 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  36.95 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
272 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  37.94 
 
 
271 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  38.65 
 
 
244 aa  172  5e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  37.8 
 
 
272 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  38.93 
 
 
256 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  36.55 
 
 
269 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.36 
 
 
273 aa  171  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
272 aa  169  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  41.32 
 
 
259 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  41.32 
 
 
259 aa  169  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  38.17 
 
 
256 aa  169  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.55 
 
 
278 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.31 
 
 
256 aa  168  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
280 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  38.01 
 
 
266 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.66 
 
 
264 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.29 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.32 
 
 
266 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  38.82 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  39.43 
 
 
276 aa  165  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
275 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.07 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  41.39 
 
 
258 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  39.29 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
271 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
273 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
271 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1637  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.59 
 
 
268 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  34.19 
 
 
271 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 
270 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
269 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682654  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
277 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
285 aa  159  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
285 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
285 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
285 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  37.96 
 
 
260 aa  158  8e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1338  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.08 
 
 
259 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.116682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1961  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.08 
 
 
259 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1300  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.08 
 
 
259 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.715844 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>