More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1262 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 410 aa  816    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  73.66 
 
 		 410 aa  620  1e-176  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  70.91 
 
 		 417 aa  600  1e-170  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  56.17 
 
 		 415 aa  480  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  56.2 
 
 		 411 aa  478  1e-134  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  55.56 
 
 		 414 aa  460  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  55.02 
 
 		 418 aa  455  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  55.58 
 
 		 411 aa  452  1.0000000000000001e-126  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  55.69 
 
 		 413 aa  444  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  53.3 
 
 		 444 aa  436  1e-121  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  50.12 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  33.89 
 
 		 537 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  33.25 
 
 		 441 aa  238  1e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  33.74 
 
 		 552 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  33.17 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  36.86 
 
 		 541 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  35.76 
 
 		 449 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  36.23 
 
 		 537 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  36.63 
 
 		 538 aa  235  9e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  33.01 
 
 		 533 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  32.76 
 
 		 535 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  36.57 
 
 		 539 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  33.01 
 
 		 536 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  35.94 
 
 		 538 aa  234  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  36.39 
 
 		 381 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  33.01 
 
 		 544 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  35.7 
 
 		 527 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  36.55 
 
 		 553 aa  233  5e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  35.65 
 
 		 536 aa  233  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  36.63 
 
 		 572 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 537 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 537 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  36.29 
 
 		 540 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  37.42 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  33.25 
 
 		 560 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  33 
 
 		 498 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  34.23 
 
 		 534 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  34.02 
 
 		 440 aa  230  3e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  36.13 
 
 		 538 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  34.43 
 
 		 428 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  36.68 
 
 		 365 aa  229  5e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 535 aa  229  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  35.47 
 
 		 532 aa  229  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  33.01 
 
 		 545 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  32.39 
 
 		 429 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  32.76 
 
 		 534 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  32.52 
 
 		 536 aa  227  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  32.76 
 
 		 545 aa  227  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  33.74 
 
 		 535 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  32.76 
 
 		 545 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  33.74 
 
 		 535 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  35.38 
 
 		 443 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  35.55 
 
 		 518 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  35.09 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  34.57 
 
 		 548 aa  225  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 383 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  35.46 
 
 		 521 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  34.99 
 
 		 531 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  35.86 
 
 		 517 aa  224  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  35.03 
 
 		 513 aa  224  3e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  36.5 
 
 		 523 aa  223  4.9999999999999996e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 383 aa  222  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  35.47 
 
 		 362 aa  222  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 382 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  34.96 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  34.85 
 
 		 501 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  33.71 
 
 		 514 aa  220  3e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  34.96 
 
 		 503 aa  220  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  34.3 
 
 		 493 aa  219  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  35.98 
 
 		 385 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  35.14 
 
 		 544 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  34.82 
 
 		 404 aa  217  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  34.48 
 
 		 401 aa  217  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  35.26 
 
 		 475 aa  216  8e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  32.37 
 
 		 544 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  34.69 
 
 		 538 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  35.26 
 
 		 516 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 506 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  32.94 
 
 		 497 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  36.29 
 
 		 380 aa  213  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  35.84 
 
 		 491 aa  213  5.999999999999999e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  33 
 
 		 490 aa  212  7.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  32.94 
 
 		 537 aa  212  9e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  33.25 
 
 		 497 aa  212  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  33.05 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  34.07 
 
 		 559 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  34.76 
 
 		 501 aa  211  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  34.42 
 
 		 372 aa  210  3e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  34.12 
 
 		 493 aa  210  4e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  33.25 
 
 		 384 aa  210  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  32.87 
 
 		 373 aa  209  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0485  transcription elongation factor NusA  38.71 
 
 		 362 aa  209  6e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0510  transcription elongation factor NusA  38.71 
 
 		 362 aa  209  7e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  33.23 
 
 		 495 aa  209  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  32.95 
 
 		 383 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  33.7 
 
 		 499 aa  208  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0324  transcription elongation factor NusA  39.18 
 
 		 363 aa  208  2e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  34.49 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1479  transcription elongation factor NusA  38.71 
 
 		 362 aa  208  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  32.26 
 
 		 503 aa  207  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>