More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3421 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 418 aa  837    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  70.1 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  70.57 
 
 		 413 aa  590  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  63.64 
 
 		 411 aa  541  1e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  62.92 
 
 		 411 aa  523  1e-147  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  60.77 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  58.91 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  57.18 
 
 		 410 aa  472  1e-132  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  55.02 
 
 		 410 aa  455  1e-127  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  53.85 
 
 		 444 aa  444  1e-123  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  52.04 
 
 		 421 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  40.48 
 
 		 534 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  42.67 
 
 		 517 aa  269  7e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  42.42 
 
 		 518 aa  269  7e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  40.91 
 
 		 521 aa  267  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  41.77 
 
 		 513 aa  266  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  41.79 
 
 		 527 aa  266  5e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  40.7 
 
 		 537 aa  262  6.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  40.7 
 
 		 537 aa  262  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  38.62 
 
 		 506 aa  262  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  40.7 
 
 		 535 aa  261  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  35.41 
 
 		 441 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  41.39 
 
 		 553 aa  260  3e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  40.88 
 
 		 514 aa  259  9e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.18 
 
 		 538 aa  255  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  40.24 
 
 		 449 aa  255  8e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  39.3 
 
 		 532 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  37.85 
 
 		 537 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  38.42 
 
 		 365 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  36.17 
 
 		 535 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  35.92 
 
 		 533 aa  254  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  40.28 
 
 		 401 aa  252  9.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  39.89 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  38.35 
 
 		 541 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  39.58 
 
 		 552 aa  250  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  40.18 
 
 		 538 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  37.76 
 
 		 540 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  38.35 
 
 		 537 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  37.71 
 
 		 383 aa  249  7e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  38.04 
 
 		 537 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  38.12 
 
 		 536 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  37.96 
 
 		 440 aa  248  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  37.76 
 
 		 539 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  37.11 
 
 		 548 aa  246  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  37.76 
 
 		 536 aa  245  9e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  37.9 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  38.18 
 
 		 428 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  37.17 
 
 		 538 aa  244  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  37.68 
 
 		 381 aa  244  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  36.86 
 
 		 382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  38.55 
 
 		 516 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  36.86 
 
 		 383 aa  243  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  35.73 
 
 		 404 aa  243  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  36.75 
 
 		 429 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  37.61 
 
 		 443 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  37.5 
 
 		 531 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  40.19 
 
 		 369 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  36.63 
 
 		 534 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  34.17 
 
 		 362 aa  240  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  36.92 
 
 		 544 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  37.21 
 
 		 529 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  36.34 
 
 		 535 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  36.34 
 
 		 535 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  38.53 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  32.92 
 
 		 475 aa  236  6e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 344 aa  236  7e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  34.91 
 
 		 556 aa  236  8e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  37.24 
 
 		 536 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  36.09 
 
 		 503 aa  235  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  37.61 
 
 		 498 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  36.46 
 
 		 559 aa  235  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  34.61 
 
 		 534 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  36.08 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  38.02 
 
 		 506 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  34.38 
 
 		 557 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  35.17 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  32.36 
 
 		 463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  36.65 
 
 		 523 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  34.38 
 
 		 557 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  34.38 
 
 		 557 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  35.5 
 
 		 377 aa  233  5e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1358  transcription elongation factor  36.42 
 
 		 365 aa  233  6e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.946051  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  35.52 
 
 		 572 aa  232  7.000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  35.45 
 
 		 538 aa  232  9e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  33.66 
 
 		 544 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  37.43 
 
 		 344 aa  232  1e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  35.51 
 
 		 544 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  36.1 
 
 		 545 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  37.35 
 
 		 501 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  36.1 
 
 		 545 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  36.9 
 
 		 560 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  37.2 
 
 		 568 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  43.92 
 
 		 590 aa  230  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  36.23 
 
 		 346 aa  229  6e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  35.54 
 
 		 538 aa  229  7e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  39.64 
 
 		 360 aa  229  8e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  35.23 
 
 		 382 aa  229  9e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  38.21 
 
 		 433 aa  228  1e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>