More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0254 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 444 aa  895    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  56.62 
 
 		 411 aa  486  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  57.07 
 
 		 410 aa  468  1.0000000000000001e-131  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  54.96 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  54.57 
 
 		 418 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  54.83 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  54.28 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  53.92 
 
 		 413 aa  435  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  53.3 
 
 		 414 aa  435  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  51.94 
 
 		 411 aa  415  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  43.98 
 
 		 421 aa  348  1e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  37.91 
 
 		 517 aa  246  6.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  38.52 
 
 		 527 aa  245  9e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  37.76 
 
 		 521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  37.54 
 
 		 382 aa  240  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  37.54 
 
 		 383 aa  239  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  37.31 
 
 		 518 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  37.78 
 
 		 553 aa  238  2e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  37.85 
 
 		 383 aa  237  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  37.85 
 
 		 449 aa  237  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  35.77 
 
 		 513 aa  234  3e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  38.05 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  36 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  37.05 
 
 		 514 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  37.46 
 
 		 344 aa  229  1e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  36.62 
 
 		 381 aa  228  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  31.55 
 
 		 534 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  36.31 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  37.12 
 
 		 441 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  35.42 
 
 		 404 aa  226  6e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  33.25 
 
 		 534 aa  226  7e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  36.2 
 
 		 537 aa  226  8e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  36.2 
 
 		 537 aa  226  8e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  37.92 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  36.81 
 
 		 537 aa  225  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  36.2 
 
 		 535 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  32.63 
 
 		 552 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  36.39 
 
 		 385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  35.42 
 
 		 381 aa  223  6e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  36.09 
 
 		 377 aa  223  7e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  35.38 
 
 		 495 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  35.47 
 
 		 533 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  34.41 
 
 		 440 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  33.41 
 
 		 572 aa  222  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  35.56 
 
 		 537 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  30.91 
 
 		 463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 538 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  35.17 
 
 		 535 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  34.66 
 
 		 492 aa  220  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  35.26 
 
 		 537 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  35.26 
 
 		 541 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  35.08 
 
 		 406 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  33.44 
 
 		 449 aa  219  6e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  34.66 
 
 		 536 aa  219  7.999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  34.32 
 
 		 384 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  33.14 
 
 		 506 aa  219  8.999999999999998e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  35.21 
 
 		 401 aa  219  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  35.09 
 
 		 490 aa  218  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  33.82 
 
 		 443 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  35.12 
 
 		 362 aa  217  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  34.97 
 
 		 538 aa  217  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  34.08 
 
 		 393 aa  216  4e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  35.63 
 
 		 534 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  33.33 
 
 		 492 aa  216  5.9999999999999996e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  34.35 
 
 		 538 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  34.65 
 
 		 540 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  34.52 
 
 		 442 aa  216  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  36.47 
 
 		 501 aa  216  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  34.04 
 
 		 536 aa  216  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  33.33 
 
 		 492 aa  215  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  34.66 
 
 		 429 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  34.52 
 
 		 442 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  30.77 
 
 		 539 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  33.15 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  33.16 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  35.61 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  35.89 
 
 		 544 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  34.97 
 
 		 532 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  36.83 
 
 		 499 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  34.77 
 
 		 475 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  36.28 
 
 		 498 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  35.33 
 
 		 535 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  35.33 
 
 		 535 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  34.38 
 
 		 548 aa  213  5.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  34.44 
 
 		 493 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  37.61 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  35.47 
 
 		 380 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  35.28 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>