More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_01340 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 410 aa  815    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  77.22 
 
 		 417 aa  653    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  73.66 
 
 		 410 aa  620  1e-176  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  60.34 
 
 		 411 aa  505  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  57.25 
 
 		 415 aa  494  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  57.11 
 
 		 414 aa  472  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  57.18 
 
 		 418 aa  472  1e-132  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  58.95 
 
 		 413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  56.83 
 
 		 444 aa  462  1e-129  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  56.76 
 
 		 411 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  50 
 
 		 421 aa  396  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  38.29 
 
 		 560 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  35.75 
 
 		 533 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  38.3 
 
 		 538 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  37.71 
 
 		 532 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  35.5 
 
 		 535 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 537 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  38 
 
 		 545 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 537 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  38 
 
 		 545 aa  243  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  37.53 
 
 		 527 aa  243  7e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  35.15 
 
 		 552 aa  242  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  38 
 
 		 545 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  38 
 
 		 536 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 535 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  33.83 
 
 		 441 aa  241  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  37.43 
 
 		 544 aa  240  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  34.5 
 
 		 534 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  36.52 
 
 		 553 aa  238  1e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  36.18 
 
 		 521 aa  237  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  34.26 
 
 		 536 aa  236  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  37.43 
 
 		 538 aa  236  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  36.57 
 
 		 518 aa  235  9e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  33.74 
 
 		 537 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  36.02 
 
 		 517 aa  235  1.0000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  33.5 
 
 		 449 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  38.18 
 
 		 572 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  36.9 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  35.96 
 
 		 531 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  37.72 
 
 		 548 aa  233  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  35.68 
 
 		 513 aa  233  6e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  35.51 
 
 		 537 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  36.26 
 
 		 537 aa  232  1e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  33.51 
 
 		 429 aa  231  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  35.76 
 
 		 541 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  36.92 
 
 		 544 aa  230  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  34.64 
 
 		 534 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  34.36 
 
 		 535 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  34.36 
 
 		 535 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  35.76 
 
 		 539 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  35.17 
 
 		 538 aa  228  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  36.26 
 
 		 440 aa  227  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  34.46 
 
 		 383 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  35.47 
 
 		 540 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  37 
 
 		 506 aa  226  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  34.88 
 
 		 536 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  35.35 
 
 		 514 aa  226  7e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  35.19 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  37 
 
 		 523 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  36.83 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  33.07 
 
 		 428 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 493 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  34.9 
 
 		 382 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  35.78 
 
 		 381 aa  224  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  35.69 
 
 		 538 aa  224  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  33.25 
 
 		 443 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  34.9 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  34.16 
 
 		 544 aa  223  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  36.06 
 
 		 498 aa  222  7e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  36.47 
 
 		 404 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  34.8 
 
 		 377 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  36.04 
 
 		 449 aa  219  7e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  34.01 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  35.71 
 
 		 516 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  34.18 
 
 		 401 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  36.61 
 
 		 499 aa  216  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  36.52 
 
 		 344 aa  215  9e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  36.86 
 
 		 380 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  33.92 
 
 		 492 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  35.05 
 
 		 501 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  32.4 
 
 		 475 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  33.53 
 
 		 503 aa  213  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  37.13 
 
 		 529 aa  213  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  33.53 
 
 		 373 aa  213  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  35.94 
 
 		 344 aa  213  7e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  31.58 
 
 		 559 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  35.63 
 
 		 384 aa  212  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  33.53 
 
 		 503 aa  211  2e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  33.92 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  32.58 
 
 		 378 aa  209  6e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  33.53 
 
 		 383 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  33.24 
 
 		 497 aa  209  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  34.47 
 
 		 392 aa  209  9e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  35.57 
 
 		 568 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  32.07 
 
 		 493 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  34.23 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  31.86 
 
 		 493 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  36.14 
 
 		 491 aa  207  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  32.07 
 
 		 493 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  32.41 
 
 		 493 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>