More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0397 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 514 aa  1019    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  84.63 
 
 		 517 aa  860    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  82.26 
 
 		 521 aa  828    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  85.94 
 
 		 553 aa  879    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  85.66 
 
 		 527 aa  887    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  87.11 
 
 		 513 aa  902    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  88.78 
 
 		 518 aa  893    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  40.97 
 
 		 414 aa  269  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  40.49 
 
 		 418 aa  266  1e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  37.2 
 
 		 421 aa  263  4e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  41.08 
 
 		 411 aa  259  6e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  40.31 
 
 		 413 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  36.14 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  40.54 
 
 		 415 aa  250  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  40.57 
 
 		 411 aa  242  1e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  35.11 
 
 		 410 aa  237  4e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  36.15 
 
 		 444 aa  231  3e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  33.71 
 
 		 410 aa  229  8e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  36.8 
 
 		 538 aa  203  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  35.91 
 
 		 532 aa  197  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  32.75 
 
 		 536 aa  193  6e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  35.01 
 
 		 533 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  34.11 
 
 		 572 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  35.31 
 
 		 552 aa  192  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  34.72 
 
 		 535 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1234  transcription elongation factor NusA  33.94 
 
 		 395 aa  190  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000227935  normal  0.970518 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  34.39 
 
 		 444 aa  190  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  36.25 
 
 		 382 aa  189  8e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  34.72 
 
 		 538 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  36.44 
 
 		 380 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  34.46 
 
 		 440 aa  187  3e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  36.06 
 
 		 377 aa  187  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  34.76 
 
 		 373 aa  187  5e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  31.85 
 
 		 463 aa  187  6e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  33.23 
 
 		 392 aa  186  6e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  33.14 
 
 		 362 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  33.83 
 
 		 393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  35.06 
 
 		 372 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  34.42 
 
 		 537 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  34.42 
 
 		 537 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  34.06 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  34.42 
 
 		 535 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  34.12 
 
 		 534 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  36.09 
 
 		 346 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  34.42 
 
 		 537 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 384 aa  183  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  33.23 
 
 		 537 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  35.13 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  34.3 
 
 		 495 aa  182  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  34.3 
 
 		 495 aa  182  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  34.3 
 
 		 495 aa  182  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  33.73 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  34.29 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  36.68 
 
 		 404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  32.64 
 
 		 537 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  35.13 
 
 		 383 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  32.84 
 
 		 560 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3545  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  32.94 
 
 		 538 aa  180  4.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3476  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.555068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3644  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3477  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3582  transcription elongation factor NusA  33.8 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  33.04 
 
 		 545 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  32.15 
 
 		 492 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  32.94 
 
 		 536 aa  179  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  35.24 
 
 		 385 aa  179  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  33.14 
 
 		 441 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  33.15 
 
 		 381 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  35.69 
 
 		 442 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  32.64 
 
 		 541 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  34.02 
 
 		 536 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  36.31 
 
 		 442 aa  178  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  32.85 
 
 		 506 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  34.32 
 
 		 544 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  34.15 
 
 		 503 aa  178  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  32.84 
 
 		 545 aa  177  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  35.35 
 
 		 383 aa  177  4e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  32.84 
 
 		 545 aa  177  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  34.15 
 
 		 503 aa  176  6e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  177  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  176  7e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  33.43 
 
 		 490 aa  176  7e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  33.82 
 
 		 475 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  176  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  32.86 
 
 		 495 aa  176  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  33.53 
 
 		 381 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  32.05 
 
 		 539 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  34.99 
 
 		 428 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3606  transcription elongation factor NusA  33.14 
 
 		 495 aa  176  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0209266  normal  0.0368341 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  31.45 
 
 		 540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  32.94 
 
 		 449 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  29.47 
 
 		 493 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  32.2 
 
 		 496 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  35.99 
 
 		 383 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>