More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1234 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1234  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 395 aa  795    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000227935  normal  0.970518 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  60.16 
 
 		 393 aa  451  1.0000000000000001e-126  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  56.19 
 
 		 392 aa  427  1e-118  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  47.81 
 
 		 384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  48.36 
 
 		 381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  47.83 
 
 		 365 aa  308  9e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  45.06 
 
 		 442 aa  302  8.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  45.64 
 
 		 442 aa  301  9e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  46.27 
 
 		 493 aa  301  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  45.11 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  45.7 
 
 		 383 aa  300  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  45.32 
 
 		 346 aa  300  3e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  44.74 
 
 		 385 aa  298  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  43.51 
 
 		 382 aa  296  3e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  46.55 
 
 		 383 aa  296  4e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  45.1 
 
 		 383 aa  291  9e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  45.1 
 
 		 382 aa  291  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  42.98 
 
 		 381 aa  290  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  46.36 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  46.59 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3683  NusA antitermination factor  43.44 
 
 		 442 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00388019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  44.97 
 
 		 377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  44.41 
 
 		 401 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  41.58 
 
 		 406 aa  282  8.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  44.05 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  46.6 
 
 		 380 aa  280  3e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  44.96 
 
 		 444 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  42.64 
 
 		 368 aa  278  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  42.64 
 
 		 366 aa  277  3e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  42.94 
 
 		 368 aa  277  3e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  42.94 
 
 		 368 aa  276  4e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  46.02 
 
 		 344 aa  276  4e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0833  transcription elongation factor NusA  45.14 
 
 		 407 aa  276  6e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.792423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  44.64 
 
 		 362 aa  276  6e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  40.11 
 
 		 378 aa  275  8e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0735  transcription elongation factor NusA  43.62 
 
 		 344 aa  275  9e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000302084  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  45.72 
 
 		 344 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  40.38 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  42.94 
 
 		 382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1661  transcription elongation factor NusA  43.02 
 
 		 366 aa  272  8.000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1943  transcription elongation factor NusA  43.02 
 
 		 366 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  41.09 
 
 		 440 aa  271  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  45.37 
 
 		 372 aa  271  2e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  44.51 
 
 		 391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  44.51 
 
 		 391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  43.16 
 
 		 449 aa  269  8e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  40.48 
 
 		 441 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  38.08 
 
 		 433 aa  266  4e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  41.74 
 
 		 385 aa  266  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  40.11 
 
 		 475 aa  264  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  41.39 
 
 		 443 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  42.94 
 
 		 354 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  42.34 
 
 		 449 aa  260  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0811  transcription elongation factor NusA  39.48 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000010954  hitchhiker  0.00234388 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1358  transcription elongation factor  41.09 
 
 		 365 aa  260  3e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.946051  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2318  NusA antitermination factor  41.37 
 
 		 358 aa  258  1e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00819018  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  36.56 
 
 		 557 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  36.32 
 
 		 557 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  36.32 
 
 		 557 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0380  transcription elongation factor NusA  39.6 
 
 		 391 aa  256  4e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.078834  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  41.49 
 
 		 428 aa  256  5e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  41.59 
 
 		 536 aa  256  5e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  36.08 
 
 		 556 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0378  transcription elongation factor NusA  38.86 
 
 		 383 aa  255  8e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.138784  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  41.39 
 
 		 429 aa  255  8e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.48 
 
 		 538 aa  255  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  41.89 
 
 		 534 aa  255  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  41.52 
 
 		 506 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1049  NusA antitermination factor  42.9 
 
 		 357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  42.26 
 
 		 560 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1412  transcription elongation factor NusA  42.48 
 
 		 344 aa  254  3e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00000474551  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  41.59 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  36.45 
 
 		 538 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  42.51 
 
 		 545 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  41.34 
 
 		 572 aa  252  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0814  transcription elongation factor NusA  43.99 
 
 		 382 aa  251  1e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0015948  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  42.77 
 
 		 537 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  42.77 
 
 		 537 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  42.51 
 
 		 545 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  41.3 
 
 		 537 aa  249  6e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  42.77 
 
 		 540 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  41.3 
 
 		 537 aa  249  6e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  41.02 
 
 		 506 aa  249  6e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  41.67 
 
 		 544 aa  249  7e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  41.07 
 
 		 545 aa  249  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  39.44 
 
 		 491 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  42.48 
 
 		 541 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  39.29 
 
 		 532 aa  248  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  41.07 
 
 		 536 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  42.6 
 
 		 369 aa  247  3e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  44.74 
 
 		 495 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  41.3 
 
 		 538 aa  246  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  40.46 
 
 		 492 aa  245  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  41 
 
 		 536 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>