More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3036 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 475 aa  949    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  56.97 
 
 		 449 aa  476  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  53.57 
 
 		 381 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  53.76 
 
 		 383 aa  412  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  56.6 
 
 		 406 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  53.33 
 
 		 383 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  53.48 
 
 		 382 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  51.81 
 
 		 385 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  48.4 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  47.38 
 
 		 557 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  47.38 
 
 		 557 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  47.89 
 
 		 556 aa  398  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  47.17 
 
 		 557 aa  395  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  45.35 
 
 		 538 aa  386  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  45.66 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  47.91 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  49.49 
 
 		 552 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  47.37 
 
 		 534 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  47.68 
 
 		 536 aa  381  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  47.14 
 
 		 533 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  52.45 
 
 		 401 aa  381  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  46.54 
 
 		 537 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  46.54 
 
 		 537 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  48.4 
 
 		 443 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  47.47 
 
 		 538 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  47.13 
 
 		 539 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  47.88 
 
 		 537 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  48.12 
 
 		 538 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  46.9 
 
 		 535 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 		 441 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  46.79 
 
 		 538 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  45.6 
 
 		 449 aa  373  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  46.21 
 
 		 428 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  45.58 
 
 		 541 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  46.38 
 
 		 540 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  46.56 
 
 		 536 aa  374  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  54.28 
 
 		 385 aa  375  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  46.3 
 
 		 535 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  46.21 
 
 		 532 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  47.06 
 
 		 506 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  47.09 
 
 		 506 aa  368  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  49.75 
 
 		 516 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  45.93 
 
 		 531 aa  369  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  47.97 
 
 		 572 aa  368  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  44.95 
 
 		 537 aa  366  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  46.33 
 
 		 544 aa  365  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  46.08 
 
 		 545 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  46.08 
 
 		 545 aa  363  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  45.82 
 
 		 536 aa  362  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  46.76 
 
 		 534 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  45.82 
 
 		 560 aa  361  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  48.01 
 
 		 523 aa  359  6e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  44.79 
 
 		 545 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  48.74 
 
 		 548 aa  358  9.999999999999999e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  44.56 
 
 		 404 aa  355  8.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  46.04 
 
 		 535 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  46.04 
 
 		 535 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  49.1 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  44.84 
 
 		 538 aa  346  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  48.71 
 
 		 382 aa  345  1e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  45.17 
 
 		 544 aa  344  2e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  49.85 
 
 		 383 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  45.89 
 
 		 544 aa  344  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  44.44 
 
 		 559 aa  343  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  47.94 
 
 		 365 aa  343  5e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  46.26 
 
 		 381 aa  341  2e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  48.35 
 
 		 384 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  48.18 
 
 		 362 aa  337  1.9999999999999998e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  47.09 
 
 		 382 aa  334  2e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  47.19 
 
 		 529 aa  332  8e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  46.85 
 
 		 493 aa  331  2e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  46.15 
 
 		 378 aa  330  4e-89  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  47.09 
 
 		 368 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  39.86 
 
 		 492 aa  329  6e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  46.79 
 
 		 368 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  45.34 
 
 		 497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  3e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 368 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  46.75 
 
 		 380 aa  327  4.0000000000000003e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  46.48 
 
 		 366 aa  326  6e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  45.86 
 
 		 373 aa  326  7e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  43.09 
 
 		 501 aa  325  9e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  45.31 
 
 		 498 aa  325  9e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  41.9 
 
 		 499 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  44.64 
 
 		 493 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  44.64 
 
 		 493 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  41.83 
 
 		 495 aa  323  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  40.09 
 
 		 488 aa  323  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>