More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1960 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 384 aa  776    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  83.61 
 
 		 381 aa  624  1e-177  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  79.43 
 
 		 359 aa  560  1e-158  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  70.61 
 
 		 365 aa  525  1e-148  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  66.93 
 
 		 404 aa  510  1e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  70.76 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  70.25 
 
 		 362 aa  507  9.999999999999999e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  66.57 
 
 		 346 aa  488  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  67.05 
 
 		 383 aa  478  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  64.36 
 
 		 377 aa  470  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  63.49 
 
 		 382 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  64.74 
 
 		 382 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  60.27 
 
 		 373 aa  462  1e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  61.8 
 
 		 378 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  65.32 
 
 		 380 aa  456  1e-127  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  59.52 
 
 		 366 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  442  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  442  1e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  59.78 
 
 		 368 aa  444  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  59.51 
 
 		 368 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1943  transcription elongation factor NusA  61.13 
 
 		 366 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1661  transcription elongation factor NusA  61.41 
 
 		 366 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  59.14 
 
 		 354 aa  408  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  56.21 
 
 		 391 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  56.21 
 
 		 391 aa  398  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0833  transcription elongation factor NusA  54.65 
 
 		 407 aa  391  1e-107  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.792423  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  52.89 
 
 		 442 aa  379  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  53.47 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0811  transcription elongation factor NusA  52.33 
 
 		 423 aa  376  1e-103  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000010954  hitchhiker  0.00234388 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  53.31 
 
 		 444 aa  373  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3683  NusA antitermination factor  53.18 
 
 		 442 aa  369  1e-101  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00388019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0985  transcription elongation factor NusA  52.63 
 
 		 491 aa  366  1e-100  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  52.05 
 
 		 491 aa  363  3e-99  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  53.01 
 
 		 383 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  52.19 
 
 		 383 aa  361  9e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_857  transcription elongation factor  52.63 
 
 		 487 aa  361  1e-98  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000272174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  52.19 
 
 		 382 aa  361  1e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  52.41 
 
 		 381 aa  361  1e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  52.05 
 
 		 360 aa  360  3e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  53.08 
 
 		 369 aa  359  5e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  50.44 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  53.39 
 
 		 344 aa  354  1e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  53.69 
 
 		 344 aa  354  2e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  53.39 
 
 		 372 aa  352  5e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1049  NusA antitermination factor  52.75 
 
 		 357 aa  351  1e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  48.33 
 
 		 406 aa  350  2e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0776  transcription elongation factor NusA  50.87 
 
 		 329 aa  350  4e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.387304  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7749  NusA antitermination factor  51.63 
 
 		 324 aa  348  8e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1059  NusA antitermination factor  51.33 
 
 		 333 aa  347  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00843571  normal  0.0553593 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3332  NusA antitermination factor  50 
 
 		 351 aa  346  4e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.166447  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  50.41 
 
 		 503 aa  345  1e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 385 aa  341  1e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5836  transcription elongation factor NusA  50.14 
 
 		 337 aa  341  1e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3594  NusA antitermination factor  50.44 
 
 		 337 aa  341  1e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1180  NusA antitermination factor  48.31 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00193855  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1517  transcription elongation factor NusA  49.85 
 
 		 348 aa  340  2e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.261597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  48.35 
 
 		 475 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1018  NusA antitermination factor  51.03 
 
 		 354 aa  339  5e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  46.05 
 
 		 506 aa  339  5e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  48.54 
 
 		 440 aa  338  8e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  47.66 
 
 		 449 aa  338  9e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3564  NusA antitermination factor  49.56 
 
 		 365 aa  338  9.999999999999999e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0133345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0696  NusA antitermination factor  49.33 
 
 		 395 aa  337  1.9999999999999998e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000696258  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1209  NusA antitermination factor  49.85 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489852  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  48.38 
 
 		 433 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  49.01 
 
 		 401 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2115  transcription elongation factor NusA  49.56 
 
 		 331 aa  337  2.9999999999999997e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.781064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3192  transcription elongation factor NusA  50.74 
 
 		 327 aa  335  5.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0218268  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1325  transcription elongation factor NusA  48.34 
 
 		 347 aa  333  2e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0147733 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1368  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 347 aa  333  3e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.219498  normal  0.327685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14550  transcription elongation factor NusA  50.87 
 
 		 348 aa  332  5e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0106294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1419  NusA antitermination factor  47.91 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23470  transcription termination factor NusA  47.31 
 
 		 365 aa  332  7.000000000000001e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.156847  normal  0.0534331 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  48.38 
 
 		 572 aa  332  7.000000000000001e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  47.49 
 
 		 536 aa  331  1e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2491  NusA antitermination factor  46.52 
 
 		 346 aa  332  1e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  48.08 
 
 		 533 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2080  transcription elongation factor NusA  47.22 
 
 		 347 aa  330  4e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2063  transcription elongation factor NusA  47.22 
 
 		 347 aa  330  4e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2126  transcription elongation factor NusA  47.22 
 
 		 347 aa  330  4e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312035  normal  0.0121044 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  47.79 
 
 		 535 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2151  transcription termination factor NusA  47.89 
 
 		 340 aa  328  9e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.154798  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  48.08 
 
 		 538 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  47.2 
 
 		 538 aa  325  6e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  46.61 
 
 		 536 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  46.63 
 
 		 541 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4041  transcription elongation factor NusA  47.92 
 
 		 353 aa  325  7e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00507131  normal  0.461903 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0814  transcription elongation factor NusA  47.49 
 
 		 382 aa  325  7e-88  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0015948  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  46.9 
 
 		 535 aa  325  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  47.2 
 
 		 552 aa  325  8.000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  44.66 
 
 		 531 aa  325  9e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  46.61 
 
 		 544 aa  325  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  46.9 
 
 		 537 aa  324  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  46.31 
 
 		 532 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>