More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0442 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  73.38 
 
 		 537 aa  776    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  65.13 
 
 		 568 aa  647    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  74.58 
 
 		 560 aa  791    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  73.38 
 
 		 537 aa  776    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  77.61 
 
 		 532 aa  827    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 537 aa  1073    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  76.89 
 
 		 538 aa  824    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  87.05 
 
 		 538 aa  936    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  79.69 
 
 		 531 aa  841    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  71.07 
 
 		 535 aa  755    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  88.93 
 
 		 537 aa  957    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  74.05 
 
 		 536 aa  783    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  93.13 
 
 		 539 aa  978    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  91.73 
 
 		 541 aa  965    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  91.78 
 
 		 540 aa  991    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  86.73 
 
 		 536 aa  934    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  72.8 
 
 		 552 aa  768    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  71.9 
 
 		 538 aa  752    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  73.98 
 
 		 545 aa  790    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  75.75 
 
 		 536 aa  805    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  72.66 
 
 		 534 aa  771    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  66.17 
 
 		 537 aa  719    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  75.57 
 
 		 544 aa  801    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  67.56 
 
 		 572 aa  707    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  74.56 
 
 		 545 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  70.83 
 
 		 533 aa  751    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  74.76 
 
 		 535 aa  785    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  76.12 
 
 		 545 aa  790    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  62.57 
 
 		 544 aa  629  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  62.64 
 
 		 535 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  62.64 
 
 		 535 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  63.03 
 
 		 534 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  60.7 
 
 		 544 aa  615  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  60.85 
 
 		 559 aa  617  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  61.06 
 
 		 538 aa  608  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  61.9 
 
 		 516 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  56.74 
 
 		 590 aa  596  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  60.79 
 
 		 548 aa  592  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  65.61 
 
 		 506 aa  587  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  62.98 
 
 		 523 aa  587  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  62.93 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  54.91 
 
 		 506 aa  501  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0562  transcription elongation factor NusA  40.72 
 
 		 517 aa  429  1e-119  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.535647  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  49.57 
 
 		 493 aa  428  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  49.57 
 
 		 493 aa  428  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0468  transcription elongation factor NusA  41.67 
 
 		 517 aa  424  1e-117  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  45.84 
 
 		 495 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  46.11 
 
 		 492 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  47.45 
 
 		 495 aa  422  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  45.99 
 
 		 490 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  44.47 
 
 		 493 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  46.56 
 
 		 491 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  45.97 
 
 		 491 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  45.34 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  44.16 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  46.37 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  44.04 
 
 		 499 aa  405  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  45.87 
 
 		 491 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  45.55 
 
 		 491 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1475  transcription elongation factor NusA  45.87 
 
 		 491 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  45.87 
 
 		 498 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  46.46 
 
 		 491 aa  405  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  44.27 
 
 		 493 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  45.87 
 
 		 491 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  43.56 
 
 		 491 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  45.67 
 
 		 491 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  45.94 
 
 		 495 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  45.87 
 
 		 491 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  45.67 
 
 		 491 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  44.66 
 
 		 494 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  47.92 
 
 		 491 aa  398  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  46.58 
 
 		 491 aa  396  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  44.16 
 
 		 506 aa  398  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  42.58 
 
 		 493 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  42.58 
 
 		 493 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  47.27 
 
 		 491 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002608  transcription termination protein NusA  45.3 
 
 		 495 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000346209  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  43.76 
 
 		 494 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  45.56 
 
 		 491 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  45.35 
 
 		 491 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  44.57 
 
 		 501 aa  393  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  43.76 
 
 		 494 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  43.36 
 
 		 493 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  43.97 
 
 		 506 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  44.47 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  42.88 
 
 		 503 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2202  transcription termination factor NusA  43.22 
 
 		 497 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  44.64 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  44.47 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  43.95 
 
 		 493 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  44.64 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  50.24 
 
 		 488 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  43.9 
 
 		 492 aa  389  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  44.64 
 
 		 495 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>