More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1134 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  100 
 
 		 442 aa  888    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3683  NusA antitermination factor  78.94 
 
 		 442 aa  673    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00388019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  97.44 
 
 		 442 aa  790    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  73.1 
 
 		 444 aa  619  1e-176  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  54.7 
 
 		 491 aa  393  1e-108  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  58.77 
 
 		 372 aa  391  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0985  transcription elongation factor NusA  54.1 
 
 		 491 aa  388  1e-106  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  52.39 
 
 		 404 aa  387  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_857  transcription elongation factor  55.07 
 
 		 487 aa  388  1e-106  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000272174  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 384 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  51.59 
 
 		 346 aa  373  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  53.18 
 
 		 365 aa  369  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  49.71 
 
 		 378 aa  371  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  52.33 
 
 		 383 aa  366  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  52.42 
 
 		 380 aa  368  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  50.85 
 
 		 373 aa  367  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  51.73 
 
 		 377 aa  364  2e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  51.45 
 
 		 382 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 381 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  51.45 
 
 		 362 aa  361  2e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  52.89 
 
 		 359 aa  360  3e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  355  1e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  50.29 
 
 		 366 aa  354  2e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  49.28 
 
 		 493 aa  353  5e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  47.97 
 
 		 368 aa  352  7e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  50 
 
 		 382 aa  347  2e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1661  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 366 aa  346  4e-94  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1943  transcription elongation factor NusA  49.3 
 
 		 366 aa  345  7e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  49.41 
 
 		 360 aa  344  2e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  46.84 
 
 		 392 aa  341  1e-92  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  48.33 
 
 		 381 aa  335  7.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  46.54 
 
 		 536 aa  331  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  48.85 
 
 		 385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  44.5 
 
 		 393 aa  329  5.0000000000000004e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  46.59 
 
 		 383 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  47.33 
 
 		 406 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  48.25 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  48.25 
 
 		 383 aa  327  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  44.9 
 
 		 433 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  49.56 
 
 		 354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  47.11 
 
 		 536 aa  316  7e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  44.57 
 
 		 475 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  45.09 
 
 		 506 aa  314  1.9999999999999998e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  48.33 
 
 		 516 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  46.81 
 
 		 538 aa  313  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  48.67 
 
 		 401 aa  313  4.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0811  transcription elongation factor NusA  45.26 
 
 		 423 aa  311  1e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000010954  hitchhiker  0.00234388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  46.5 
 
 		 544 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  45.92 
 
 		 535 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  46.2 
 
 		 552 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  41.13 
 
 		 538 aa  309  5.9999999999999995e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  46.2 
 
 		 535 aa  309  6.999999999999999e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  46.81 
 
 		 506 aa  309  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0833  transcription elongation factor NusA  44.15 
 
 		 407 aa  309  8e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.792423  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  44.41 
 
 		 537 aa  308  9e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  44.41 
 
 		 537 aa  308  9e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  45.62 
 
 		 533 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  47.37 
 
 		 344 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  45.9 
 
 		 532 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  45.9 
 
 		 560 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  45.92 
 
 		 531 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  42.44 
 
 		 449 aa  306  7e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1234  transcription elongation factor NusA  44.63 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000227935  normal  0.970518 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  43.27 
 
 		 391 aa  305  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  43.89 
 
 		 534 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  43.27 
 
 		 391 aa  305  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  45.62 
 
 		 538 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  45.59 
 
 		 545 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  45.59 
 
 		 545 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  47.04 
 
 		 385 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  45.59 
 
 		 545 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  46.49 
 
 		 344 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  41.76 
 
 		 557 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  41.76 
 
 		 557 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  41.76 
 
 		 557 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  44.68 
 
 		 537 aa  300  4e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1049  NusA antitermination factor  46.36 
 
 		 357 aa  299  6e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  41.6 
 
 		 440 aa  299  7e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  42.82 
 
 		 556 aa  299  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  40.29 
 
 		 572 aa  298  9e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  43.81 
 
 		 537 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  44.12 
 
 		 443 aa  296  6e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  42.99 
 
 		 537 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  46.5 
 
 		 523 aa  294  2e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3332  NusA antitermination factor  43.73 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.166447  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  43.2 
 
 		 536 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  43.2 
 
 		 540 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  42.9 
 
 		 539 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7749  NusA antitermination factor  45.51 
 
 		 324 aa  292  8e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  42.9 
 
 		 541 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0776  transcription elongation factor NusA  45.38 
 
 		 329 aa  291  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.387304  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5836  transcription elongation factor NusA  43.91 
 
 		 337 aa  291  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>