More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0615 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0615  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  651    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169695  normal  0.805337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7146  transcriptional regulator, LysR family  61.86 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.153113 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2790  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.298567 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2019  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3896  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.701022  normal  0.859333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2312  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0187767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3515  LysR family regulatory protein  34.29 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2902  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187711  normal  0.331518 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2480  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.228545  normal  0.0166786 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0550  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1708  Transcriptional regulator-like protein  34.56 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.227104 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  33.08 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  31.31 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  31.29 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 306 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  30.88 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 323 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 330 aa  98.6  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2898  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.373982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 289 aa  97.1  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  97.1  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  31.3 
 
 		 295 aa  96.3  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 315 aa  95.9  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  26.79 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  29.18 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 296 aa  94  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 301 aa  93.2  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 294 aa  93.2  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>