More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7146 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_7146  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  644    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.153113 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0615  transcriptional regulator, LysR family  61.86 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169695  normal  0.805337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2019  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2790  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.298567 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2312  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0187767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3515  LysR family regulatory protein  36.1 
 
 		 318 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2902  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187711  normal  0.331518 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3896  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.701022  normal  0.859333 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2480  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.228545  normal  0.0166786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1708  Transcriptional regulator-like protein  32.91 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.227104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0550  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  29.02 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  29.02 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  29.02 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  29.02 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  29.02 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  32.95 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1442  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.200576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 298 aa  95.9  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 290 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  30.62 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2898  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.373982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  29 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 303 aa  92.8  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  30.23 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  30.23 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  30.23 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 305 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 301 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  29.84 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  29.84 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  29.84 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  29.84 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.52 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2231  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.0608782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>